„Konflikt kritického vědění a mýtické víry se v celých dějinách jeví jako konflikt jedinců a minorit s majoritou.“

Do politiky Masaryk vstoupil nejdříve nepřímo, články do novin a časopisů, přednáškami mimo univerzitu, založením časopisu Atheneum a iniciováním Ottova naučného slovníku; potom v roce 1885 – to však již přímo a výrazně, neboť zasáhl do sporů o Rukopis zelenohorský a Rukopis královédvorský, tím, že je označil za padělky. Jednalo se o věc mimořádné důležitosti, protože Rukopisy posilovaly české národní sebevědomí a daly vzniknout mnoha vrcholným českým uměleckým projevům 19. století. Masaryk, do té doby bojující převážně jen s protivníky na univerzitě, se stal terčem útoků české kulturní, politické i širší veřejnosti, mnohdy krajně nevybíravých. (Dodnes se citují úryvky z některých nenávistných článků, jako například: „Vás věru nezrodila česká matka, spíš netvorná, zlo sálající saň, jež nad hlavou nám perutěmi pleská a stále žádá krve naň.“) Musel se také vzdát práce na redigování Ottova slovníku, aby ho svým jménem v očích veřejnosti nepoškodil. Postupem času se však ukázalo, že pravda byla na jeho straně, stejně jako na straně všech jeho předchůdců i současníků, kteří k problému zaujali věcný postoj.

V roce 1889 se kolem něj vytvořila skupina „realistů“, podporovaná časopisem Čas. O rok později vstoupil spolu s ostatními realisty k mladočechům, po dalších třech letech založil časopis Naše doba. V roce 1891 byl zvolen do Říšské rady, za skupinu pošumavských měst. Poslanecký mandát však v roce 1893 složil, neboť se začal názorově rozcházet s radikální částí mladočechů a uvědomil si svou politickou nezralost. Dočasně se omezil na publikační činnost, reprezentovanou zejména knihami Česká otázka, Naše nynější krize, Jan Hus, Karel Havlíček, Otázka sociální, Moderní člověk a náboženství a Palackého idea národa českého. Jejich psaním si jednak ujasnil svá základní ideová stanoviska, jednak se jimi i nadále podílel na politickém dění.

Podle spisovatele a historika Z. Mahlera se Masaryk „z dějin a odkazu české elity inspiroval k politice vědecké a mravní, nikoli k politikaření ze dne na den, drobečkovému ode zdi ke zdi. Opřel svou orientaci o základní vývojový trend, o smysl zdejšího dějinného usilování, o hodnotově určující události, to je o husitství a reformační tradice a pak o osvícenství a ideály francouzské a americké revoluce. Ujasnil si, že problém nepočetného českého národa je především problémem národa nesvobodného.“

Roku 1899 vypukla aféra Hilsneriáda, v níž šlo o neoprávněné obvinění mladého žida Hilsnera z rituální vraždy venkovské dívky. Masaryk se postavil na Hilsnerovu stranu, což mu vyneslo novou vlnu nevybíravých útoků. Na druhé straně si tím však (nezamýšleně) získal židovské kruhy po celém světě, které mu později pomohly v úsilí o vytvoření Československa.

Na přelomu století byla z jeho iniciativy ustavena lidová-pokroková strana (s pozdější lidovou stranou jde jen o shodu názvu), označovaná též za realistickou. V zahajovacím projevu Masaryk mimo jiné uvedl: „Naší metodou je realismus prováděný důsledně také v politice – osvědčené heslo realismu vědeckého a literárního: pravda se musí stát vůdčím pravidlem všeho našeho veřejného konání – doma, uvnitř mezi sebou, i navenek.“

V letech 1902 a 1907 podnikl přednášková turné v USA.

V roce 1907 se stal poslancem Říšské rady za skupinu valašských měst. Dokázal porazit protikandidáta podporovaného katolickými knězi, jejichž agitace ho označovala za Němce, žida a neznaboha. (Nelze nepřipojit dodnes známé: “My jsme Valaši, chlapci jako fík, a náš kapelník sú strýc Masaryk.”) Svůj mandát obhájil i v roce 1911, avšak vyčerpáním z volební kampaně onemocněl. K léčení zajel na ostrov Capri, kde se setkal s M. Gorkým.

V dalších letech se pokusil o zlepšení vztahu mezi Rakousko-Uherskem a Srbskem a účastnil Wahrmundovy, ‚záhřebské‘ a několika dalších afér. Získal si tím mezinárodní věhlas, navíc podpořený sepsáním obsáhlé knihy Rusko a Evropa. Těsně před vypuknutím války se pokusil využít své autority u jihoevropských Slovanů a urovnat spory mezi Srby a Bulhary.

Do poslední chvíle před válkou sice rozumově zastával austroslavismus (aktivní loajalitu Slovanů k Rakousku-Uhersku), avšak postupně se v něm hromadil odpor k rakouské politice a k vídeňskému dvoru.

(Z knihy Jana Herbena T. G. Masaryk, život a dílo presidenta osvoboditele: “Sarajevská vražda se stala za záhadných okolností, jejichž podstata bude sotva kdy vysvětlena přesněji než meyerlingská událost roku 1889 /smrt, pravděpodobně sebevražda následníka trůnu Rudolfa, žijícího předtím nezřízeným pohlavním životem a nemocným tehdy neléčitelnou kapavkou/. Obé zůstalo rodinným tajemstvím habsburského rodu. Když roku 1910 navštívil Sarajevo císař František Josef, hlídalo jej jenom v uniformách tisíc policistů, nehledíc na počet neuniformovaných detektivů. Po čtyřech letech Františka Ferdinanda /nemocného ‚pro změnu‘ lues/ nehlídaly ani policie ani vojsko, takže po prvním atentátu bombou se mohl přihodit druhý atentát revolverem. Nedivíme se, když se v Anglii ujalo přesvědčení, že atentát na následníka byl řízen z Vídně, od dvora. Toto přesvědčení se tam hlásalo veřejně. Máme o tom doklad v Setton-Watsonově Nové Evropě i ve Steedově knize Třicet let novinářem. Bylo obecně nápadné, že se k ochraně arcivévody nestalo nic. Usuzovalo se tedy, že útočníci Princip a Čabrinovič byli najati Rakouskem. Zemský velitel Potiorek v úřadě zůstal a za války velel armádnímu sboru v Bosně.”)

Masarykovo ‚doválečné‘ údobí lze ukončit známou větou jeho syna Jana: “Kdyby můj táta nebyl ve svém krásném životě udělal nic jiného než ze se zastal chudáka Hilsnera, byl by pro mne pořád nejslavnější člověk na světě.”

(z knihy Zapomenutý prorok Tomáš G. Masaryk)