Český právní filosof Ota Weiberger, který byl pro svůj židovský původ vězněn v Osvětimi a po okupaci Československa v roce 1968 odešel do exilu, ve své knize Inštitucionalizmus. Nová teória konania, práva a demokracie, napsal, že instituce v sobě obsahuje jednak jádro praktických informací, dále se podílí na vytváření společenské reality a zejména plní stabilizující společenské funkce. Teorie institucionalismu nám umožňuje porozumět i opačnému procesu: destabilizaci a destrukci instituce.

Po rozpadu Československa v roce 1992 bylo zřízení instituce Senátu mnohými politiky a stranami zpochybňováno. Když se na podzim roku 1996 konaly první volby do této instituce, byla to například extrémistická republikánská strana Miroslava Sládka, která nejdříve volby bojkotovala a později její členové přišli s anti-institucionalistickou politikou a tvrdili, že hodlají kandidovat do Senátu jenom proto, aby až se do něho dostanou, ho mohli zrušit jako naprosto zbytečnou instituci.


Petice proti zřízení instituce

Když v roce 2001 vznikl první návrh zákona na zřízení instituce zkoumající minulost před rokem 1989, vystoupili proti její existenci nejen reprezentanti politické strany jako KSČM a ČSSD, ale i některé akademické instituce: Ústav pro soudobé dějiny AV a profesní organizace Česká archivní společnost. Například archivářky Emilie Benešová a Světlana Ptáčníková už v roce 2002 signovaly „Petici proti zřízení“ instituce zkoumající minulost.
Když Parlament ČR přijal zákon č. 181/2007 Sb. o Ústavu pro studium totalitních režimů a o Archivu bezpečnostních složek, rozhodla se v roce 2008 skupina 57 politiků z ČSSD a KSČM v čele s Jiřím Paroubkem, Lubomírem Zaorálkem, Davidem Rathem, Zdeňkem Škromachem atd., podat k Ústavnímu soudu návrh na jeho zrušení. Návrh byl zamítnut a politické strany a její reprezentanti jako byl například poslanec za ČSSD Zdeněk Jičínský na otázku České televize, zdali se spojí s komunistickou stranou v boji proti ÚSTR odpověděl: „Spojíme se s každým, kdo bude chtít tento zákon zrušit.“ (ČT1, Události, 13. března 2008)


Destabilizace a destrukce instituce

Vznikem zákona č. 181/2007 Sb., který umožnil zkoumat důsledky činnosti zločinných organizací založených na komunistické a nacistické ideologii, se některé politické strany, akademické instituce, ale i profesní organizace zradikalizovaly a zaujaly anti-institucionalistickou politiku. V prosinci roku 2012 zvolil Senát za iniciativy Jiřího Dienstbiera ml. převážnou část členů Rady Ústavu osoby, které instituci dlouhodobě popíraly a zpochybňovaly jako zbytečnou.
Byla zvolena Emilie Benešová, archivářka Národního archivu, která zpochybňovala i zákonem stanovenou digitalizaci a která otevřeně deklarovala, že ji zajímá jen Archiv bezpečnostních složek a nikoliv instituce zkoumající minulost. Dále Lukáš Jelínek, člen ČSSD a dlouholetý poradce Lubomíra Zaorálka, který prosazoval názor, že ÚSTR je „instituce pochybná a zbytečná“, a odmítal označovat období 1948-1989 jako totalitní. Michal Uhl, člen Občanské společnosti „Dienstbier náš prezident“, který svou kandidaturu spojil s personálními a institucionálními změnami v Ústavu a Jan Bureš, člen Městského zastupitelstva v Dobříši za ČSSD, politik, který tvrdil, že Mašínům šlo jen „o vlastní blaho, ne o vlast“.
Zvolení anti-institucionalisté se následně podíleli na destabilizaci a destrukci Ústavu za pomoci politických čistek, destrukce oddělení informatiky a digitalizace a hromadného propouštění zaměstnanců. V roce 2013 byla ředitelkou Archivu bezpečnostních složek jmenovaná i signatářka „Petici proti zřízení“, archivářka Světlana Ptáčníková. Pět let uplynulo a některým členům Rady Ústavu skončilo funkční období.


Dějiny jako rostlinná výroba

6. prosince 2017 bude Senát volit nové kandidáty do Rady Ústavu. Opět se přihlásili anti-institucionalisté jako archivářka Emilie Benešová a politolog Lukáš Jelínek. K nim se nově přidal i dlouholetý odpůrce ÚSTR, historik Oldřich Tůma, který prohlašoval, že tato instituce je zbytečná, že od ní „nic neočekává“, navíc je politická, protože je pracovištěm podřízeným přímo státu a tudíž hrozí zasahování politiky do světa historického bádání.
Ačkoliv další uchazeč Antonín Kostlán nezpochybňuje opodstatnění instituce Ústavu, který podle něho má historicko – preventivní poslání, na druhé straně tvrdí, že „ústav po několika letech své existence nedokázal (zatím?) v české společnosti obhájit svůj raison d’etre a získat si dostatečnou důvěru“ jako ji získal například Výzkumný ústav potravinářský nebo Výzkumný ústav rostlinné výroby o „jejichž užitečnosti jsme přesvědčeni“.
Přestože se historik specializuje na intelektuální dějiny a dějiny vědy, je zjevně neschopen kritického myšlení, když technokratickým způsobem srovnává Výzkumný ústav potravinářský s Ústavem pro studium totalitních režimů – jakoby dějiny byly jen nějaká potravina či výrobní produkt.
Navíc vytýkat Ústavu, že si nezískal dostatečnou důvěru české společnosti, potažmo politických stran jako je ČSSD a KSČM a jejich voličů, je stejně vadné, jako vytýkat Senátu, že po několika letech své existence nedokázal získat dostatečnou důvěru českých anti-institucionalistů typu Miroslava Sládka.
Je alarmující, že byť je Antonín Kostlán historik, de facto myslí ahistoricky, neboť očekává, že česká společnost, která v průběhu 20. století naplnila stranické řady komunistické organizace v počtu mnoha miliónů, bude nadšena zkoumáním své vlastní minulosti, a to navíc v situaci, když podle zákona č. 198/1993 Sb. byla KSČ označena za „zločinnou a zavrženíhodnou“.
Ota Weiberger také říká, že je naivní předpokládat, že proces institucionalizace je nesený nějakým jednoduchým konsensem o hodnotách a vzorech chování.
Žijeme v množství institucích, přičemž každá vyvíjí vlastní určitou zákonitost a implikuje vzájemné obligatorní druhy. Na druhé straně i instituce vytvářejí subjektivní prostory chování a proto je problematické - jak se stalo v případě archivářky Emilie Benešová -, když se činnost jedné instituce (Ústavu) umenšuje ve prospěch jiné (Archivu).


Tři institucionální pravidla

Z teorie institucionalismu Oty Weibergera vyplývají nepřímo tři základní pravidla pro volbu do Rady Ústavu.
Za prvé je to pravidlo práva: Senát by neměl volit kandidáty, kteří zpochybňovali a zpochybňují právní charakter založené instituce a zákonem stanovené úkoly, neměl by zvolit takové osoby, které bránily nejen vzniku instituce, ale i samotnému procesu institucionalizace, protože „instituce vznikají, žijí a umírají podle pravidel práva“.
Za druhé je to pravidlo identity jednání: Senát by neměl volit kandidáty, kteří sice projevují zájem o funkci v instituci, ale ve svém praktickém jednání a úmyslech se o ní nezajímali, nevyjadřovali se k ní, nevstupovali do veřejné nebo odborné diskuze o problematice zkoumání o minulosti. Instituce nemůže být budována jen na základě formalizovaných zvyklostí, ale potřebuje i „systém obsahových vedoucích idejí“.
Za třetí je to pravidlo kognitivní: Senát by neměl volit kandidáty, kteří mají nedostatečné situační informace o institucionálním prostředí, nedisponují poznáním a praktickými dovednostmi pro řízení instituce, které jsou důležité pro „kognitivní výstavbu stromu života“.