Nepříslušností státního zastupitelství se zabýval rozsudek Nejvyššího soudu z 1. 10. 2009, když trestní stíhání ve věci senátora Jiřího Čunka nezákonně dozorovalo Okresní státní zastupitelství v Přerově místo příslušného státního zastupitelství ve Vsetíně, neboť zde se údajně měl stát čin. V přípravném řízení trestním je činný policejní orgán, státní zástupce a soud. Podstatné je, že policejní orgán, který provádí vyšetřování, ne státní zástupce, nemá zákonem určenou příslušnost. Proto Nejvyšší soud prohlásil, že zahájení trestního stíhání, které činí policejní orgán, jakož i ostatní úkony policejního orgánu, jsou platné, byť v dozoru byl činný nepříslušný státní zástupce. Naopak Nejvyšší soud konstatoval, že akty učiněné nezákonným státním zástupcem jsou vadné a mohou být zrušeny, bude-li to pro obviněného příznivější. Problematické je, jaký vliv má nepříslušnost státního zastupitelství na rozhodnutí soudů, např. o vazbě. Zda návrh podaný státním zástupcem automaticky znamená vadnost samotného rozhodnutí soudu, je-li státní zástupce nepříslušný.

Zde se střetává zájem na stíhání trestných činů se zásadou zákonnosti. Trestní právo dbá přísně na dodržování zákonnosti a hovoří o pravidlu jedovatého stromu, což se používá především při hodnocení důkazů, ale může se uplatnit i zde. Toto pravidlo říká, že z jedovatého stromu pochází jedovaté ovoce, které nelze požít. Znamená to, že důkazy získané nezákonným způsobem nelze užít v trestním řízení, byť by informace z nich pocházející byly pravdivé. Pokud se užije analogicky toto pravidlo, pak rozhodnutí soudu učiněné na základě návrhu nezákonného státního zástupce nemůže být v souladu s právem, pakliže je v neprospěch obviněného. To platí tím spíše v přípravném řízení, kdy nezákonná změna státního zastupitelství měla za následek i změnu příslušnosti soudce, protože právo na zákonného soudce má ústavní ochranu.

Odborný článek: Příslušnost státního zastupitelství, sborník Dny práva 2010, Právnická fakulta Masarykovy univerzity.