Při jmenování předsedy vlády má prezident volnou rukou a není vázán politickou podporou Poslanecké sněmovny. K tomu se přihlásil i protikandidát Miloše Zemana ve druhém kole prezidentských voleb Jiří Drahoš v den voleb krátce před jejich začátkem v rozhovoru pro Český rozhlas v pátek 26. 1. 2018, kde prohlásil, že by nejmenoval Andreje Babiše premiérem, i kdyby mu to navrhl předseda Poslanecké sněmovny v případném třetím pokusu o sestavení vlády. To za situace, kdy byl Andrej Babiš jednoznačným vítězem voleb do Poslanecké sněmovny v říjnu 2017. V červnu 2013 jmenoval prezident Miloš Zeman předsedou vlády Jiřího Rusnoka, který neměl oporu v Poslanecké sněmovně, přestože koaliční strany předchozí vládní koalice žádali jmenování své představitelky Miroslavy Němcové s tím, že disponují poslaneckou většinou. Vláda Jiřího Rusnoka nakonec důvěru nezískala a věc se řešila novými volbami do Poslanecké sněmovny v říjnu 2013.

Obdobné je to i v jiných státech, kdy například portugalský prezident Aníbal Cavaco Silva jmenoval 24. 11. 2015 předsedu socialistů Antónia Costu novým premiérem až po jeho písemném závazku, že nová vláda bude respektovat mezinárodní závazky Portugalska. Socialisté se totiž ujmuli vlády za podpory dvou krajně levicových stran. Rumunský prezident Klaus Iohannis v prosinci 2016 odmítl návrh většinové koalice vedené sociální demokracií na jmenování Sevil Shhaidehové premiérkou pro nedostatek jejích politických zkušeností. Vládní většina musela navrhnout jiného kandidáta Sorina Grindeanua, kterého již prezident jmenoval.
Ministry jmenuje prezident republiky jen na návrh předsedy vlády. Rozhodnutí o jmenování je však aktem prezidenta a projevem jeho vůle, proto může návrh premiéra odmítnout a vyžádat si nový. Vladimír Adamus to vystihl slovy: „Nesporné je, že žádný ministr, ani předseda vlády ani vláda jako celek nejsou jmenováni ani odvoláni, pokud prezident republiky o tom nevydá jmenovací nebo odvolací akt (dekret) jím podepsaný.“ a dále uvádí, že předseda vlády „...musí dbát, aby osoby, s nimiž počítá za členy vlády (ministry), byly přijatelné nejen pro Poslaneckou sněmovnu, která vládě vyslovuje důvěru, ale i prezidenta republiky, který je má jmenovat. Z Ústavy totiž neplyne, že by prezident republiky, byť posléze vázán návrhem předsedy vlády, nemohl odmítat některé osoby navržené na funkci ministra jako nevhodné nebo nepřijatelné.“.
Významný český konstitucionalista Václav Pavlíček k právu prezidenta nejmenovat ministra uvedl: "...platí, že prezident nesmí jmenovat nikoho, koho mu nenavrhne premiér. Vládu vytváří její předseda, ten musí dbát na to, aby měl zajištěnou většinu v Poslanecké sněmovně, fungující koalici a tak dále. To ale neznamená, že mu prezident každého kandidáta skutečně musí jmenovat.".
Jan Wintr uvádí k možnosti odmítnutí prezidenta jmenovat ministra na návrh předsedy vlády, že prezident je tu garantem, „druhým párem očí, které dohlížejí, aby nebyl jmenován nějaký podezřelý, nedůvěryhodný, nebezpečný kandidát“. Prezident Miloš Zeman ve vystoupení před novináři na Pražském hradě 10. 1. 2014 k interpretaci práva prezidenta jmenovat členy vlády na návrh předsedy vlády uvedl: „Pokud jde o slovo návrh, v běžné češtině má naprosto jednoznačný význam. Návrh není něco, co musíte automaticky akceptovat.“ Prezident Miloš Zeman poukázal, že možnost odmítnout návrh premiéra na jmenování člena vlády je obsažen i v komentáři Ústavy Dušana Hendrycha a v posudku ředitele Ústavu státu a práva Akademie věd Jana Bárty z 12. 12. 2013, kde uvedl: „Prezident není vázán tak, že by musel jmenovat, kohokoli předseda vlády navrhne. Prezident musí návrhy předsedy vlády zvažovat, a neměl by je akceptovat mechanicky. Nese politickou odpovědnost za svoje jmenovací rozhodnutí.“
Není možné, aby vůle prezidenta absentovala, protože je za jmenování vlády odpovědný za velezradu a hrubé porušení ústavního pořádku (vědomé jmenování agenta nepřátelské moci). Právní odpovědnost může být vyvozována jen vůči funkcionářům, kteří mohou svou vůlí dané rozhodnutí ovlivnit. To, že vláda musí mít důvěru nejen Poslanecké sněmovny, ale i prezidenta, podporoval Emil Sobota názorem, že po zvolení prezidenta by měla vláda podat demisi, jestliže je zvolena prezidentem jiná osoba, než která vládu jmenovala. V souvislosti s volbou nového prezidenta podala vláda demisi v roce 1935, 1938 a 1948. Později byla tato praxe opuštěna. V zásadě se zde navazovalo na předchozí praxi v monarchii, kdy nový panovník výslovně potvrdil stávající vládu v úřadě.
Demise formálně proběhla, i když nový prezident měnit vládu nechtěl. Tak v den volby a složení slibu prezidenta Edvarda Beneše podal demisi vlády premiér Milan Hodža a tentýž den Beneš jmenoval dosavadní vládu ve stejném složení. Jen ministerstvo zahraničí řídil přímo předseda vlády, když v předešlé vládě byl ministr zahraničí právě zvolený prezident E. Beneš. V roce 1938 naopak došlo k význačné změně vlády, když po volbě prezidenta Emila Háchy 30. 11. 1938 podala demisi vláda generála Jana Syrového a následující den 1. 12. 1938 byla jmenována nová vláda Rudolfa Berana. V roce 1948 demise vlády byla i důsledkem toho, že prezidentem byl zvolen dosavadní premiér Klement Gottwald, který jmenoval novou vládu Antonína Zápotockého.
Herbert Hausmaninger na příkladu rakouské parlamentní republiky uvádí, že vláda „je politicky odpovědna jak spolkovému prezidentu (který může kdykoliv spolkového kancléře nebo celou vládu odvolat), tak Národní radě…“. Litevská ústava výslovně uvádí, že vláda vrátí prezidentovi své pravomoci po volbách do Sněmu a po volbách prezidenta.
Opačné názory, že prezident nemůže odmítnout návrh předsedy vlády na jmenování ministra, argumentují údajnou podstatou parlamentní demokracie. Ovšem parlamentní demokracie jako forma vlády stojí na tom, že vláda je odpovědna parlamentu, ale není výborem parlamentu. Ústavně její existence závisí na dvou orgánech – hlavě státu (jmenování) a parlamentu (důvěra). Pro trvalé fungování vlády je nutné splnit oba kroky, přičemž pro krátkodobé trvání stačí jmenování hlavou státu (např. při rozpuštění parlamentu, jmenování přechodné vlády). Pokud by vláda byla závislá jen na parlamentu a hlava státu neměla při jmenování jejích členů žádný projev vlastní vůle, nejde o parlamentní demokracii, ale vládu shromáždění (vláda parlamentu či konventu), kdy je parlament vrcholným orgánem veškeré státní moci, ne pouze zákonodárné. Tuto formu vlády, která byla praktikována v Československu v letech 1960-92 převážně ve faktické podobě totalitního státu jedné strany (1960-89), však nepřevzal žádný z nástupnických států Československa.

Československo 1918-39
Prozatímní ústava z roku 1918 stanovila, že vládu volí parlament. Novelou v roce 1919 byla na přání prezidenta Tomáše Masaryka prosazena změna, že vládu jmenuje hlava státu. Ti, kteří vědí, jak Masaryk neměl rád lež, nemohou akceptovat tvrzení, že Masarykem prosazená změna byla vlastně ústavní lží. Že ve skutečnosti se o žádné právo hlavy státu jmenovat vládu nejednalo, ale hlava státu má jen povinnost odkývat, co je mu premiérem předloženo. V době Československa nebylo ústavou dáno výslovné právo premiéru předkládat návrhy na jmenování ministrů, ale prezident ponechával iniciativu v návrzích na členy vlády premiérovi. To neznamená, že se prezident vzdal práva o ministrech nakonec rozhodovat. Za 1. Československé republiky premiéři přicházeli za prezidentem s návrhy, které byly dopředu prezidentem odsouhlaseny. Ani jeden premiér nenavrhl kandidáta, o kterém věděl, že s ním prezident nebude souhlasit. Masaryk požadoval ve všech vládách, aby ministrem zahraničí byl Edvard Beneš. Premiéři se přání prezidenta podřídili, neboť on jmenoval vládu. Zvláště podivné to bylo v letech 1926-29, kdy E. Beneš byl ve vládě a jeho strana – národní socialisté - byla v opozici. Ministr spravedlnosti Jaroslav Krejčí a ministr bez portfeje Jiří Havelka (zároveň přednosta Kanceláře prezidenta republiky) byli navrženi předsedou vády Rudolfem Beranem a jmenováni ministry 1. 12. 1938 na přání prezidenta Emila Háchy.

Protektorát Čechy a Morava
Z historie lze uvést případ, kdy i v době Protektorátu Čechy a Morava byl vedle souhlasu říšského protektora nutný pro vznik členství ve vládě souhlas prezidenta, který vládu jmenoval. Emil Hácha zprvu odmítal jmenování Emanuela Moravce ministrem v lednu 1942. Nakonec však tlaku ustoupil a svůj souhlas vyměnil za Moravcovu omluvu za předchozí jednání, které Hácha považoval za svou urážku, a možnost propuštění části zatčených vysokoškoláků.

Únor-březen 1948
V únoru 1948 probíhal boj o to, zda prezident přijme návrhy premiéra Klementa Gottwalda na rekonstrukci vlády. Ze strany Gottwalda nezazněl argument, že prezident je ústavně povinen jeho návrhům jako premiéra vyhovět. Rovněž prezident Beneš neužil argumentu, že musí návrhům předsedy vlády vyhovět, ale několik dní o nich rozvažoval. Též demokratičtí politici se zkušeností s parlamentní předválečnou Československou republikou nezastávali stanovisko, že prezident musí návrhům premiéra Gottwalda vyhovět. Doufali v opak. Že Beneš návrhy předsedy vlády Gottwalda přijal, bylo jeho politické rozhodnutí, ne ústavní nutnost.
Po únorovém převratu 1948 odmítl 16. 3. 1948 Edvard Beneš návrh Klementa Gottwalda, aby ministrem zahraničí po smrti Jana Masaryka byl jmenován tehdejší ministr průmyslu a bývalý premiér Zdeněk Fierlinger. Beneš tak osobně reagoval na jím pociťovanou Fierlingerovu zradu při převzetí moci komunisty. Beneš měl s Fierlingerem původně přátelské vztahy, a dokonce sousední soukromé vily v Sezimově Ústí. Gottwald Benešovo odmítnutí akceptoval a navrhl státního tajemníka tohoto ministerstva Vladimíra Clementise, kterého Beneš jmenoval 18. 3. 1948.

Srpen 1968
Po okupaci Československa vojsky Sovětského svazu a jeho spojenců 21. 8. 1968 sovětská vojska obsadila Pražský hrad, ale nevstoupila do jeho prostor. Neobsadila Královskou zahradu, kde se v Zahradním domu zdržoval prezident Svoboda. Po jednáních s představiteli Kanceláře prezidenta republiky uvolnila blokaci hradu a umožnila přesun L. Svobody a jeho doprovodu ze Zahradního domu na Pražský hrad. Na Hradě se shromáždili členové vlády, původně 8 a nakonec 17, takže vláda byla usnášeníschopná a řízena ministryní spotřebního průmyslu Boženou Machačovou-Dostálovou a místopředsedou Lubomírem Štrougalem.
Prezident Ludvík Svoboda odmítl návrh části československých politiků kolaborujících s okupační mocí na odvolání dosavadní vlády Oldřicha Černíka a jmenování dělnicko-rolnické vlády Aloise Indry, když tuto pozici odmítl Jozef Lenárt. Tím tomuto kroku odňal ústavní legalitu a politicky jej znemožnil, protože se nenašel nikdo, kdo by chtěl novou vládu ustavit neústavní cestou bez rozhodnutí prezidenta republiky. Podle prezidentova kancléře L. Nováka prezidentovi jmenování dělnicko-rolnické vlády navrhli - A. Indra, D. Kolder, V. Bilak a J. Lenárt na jednání 21. 8. 1968 v 16 h na Pražském hradě, kam tyto osoby dopravila sovětská armáda. Již tehdy návrh Svoboda neakceptoval. Následující den 22. 8. 1968 při širším jednání za přítomnosti V. Bilaka, Š. Sadovského, A. Indry, J. Lenárta, O. Pavlovského, D. Koldera, Z. Mlynáře, Z. Sojáka, J. Pillera, prezidentova kancléře L. Nováka, místopředsedů vlády L. Štrougala a F. Hamouze a ministryně B. Machačové tento návrh odmítl kategoricky slovy: "Uvědomte si, že kdybychom něco takového udělali, národ by musel po nás plivat, musel by do nás kopat. Vy všichni jste ještě relativně mladí lidé, já jsem starý člověk, mohu si nakonec vpálit kulku do hlavy, protože toho života už před sebou mnoho nemám. Uvědomte si však svou situaci, svoji zodpovědnost vůči národu. Znovu říkám, národ by nás musel poplivat, národ by do nás musel kopat, národ by nás musel vyvrhnout, kdybychom na nějaké takové řešení přistoupili.".

Prezidentství Václava Havla
Prezident Václav Havel měl výhrady ke jmenování ministrů vnitra a zahraničí roku 1998. V roce 2000 usiloval o odvolání ministra průmyslu a obchodu Miroslava Grégra, protože nesouhlasil s jeho podporou dostavby atomové elektrárny Temelín a zahraničního obchodu i v rozporu s Havlovou lidskoprávní politikou např. vůči Číně. V květnu 2001 váhal s jeho jmenováním místopředsedou vlády, což navrhl premiér Miloš Zeman 3. 5. 2001. Prezident Václav Havel nakonec Grégra místopředsedou vlády jmenoval 30. 5. 2001 a Václav Havel uvedl, že si delší čas musel Zemanův návrh osvojovat. Havel též nepředal jmenovací dekret Grégrovi osobně v rámci slavnostního aktu, ale nechal jej doručit prostřednictvím předsedy vlády Miloše Zemana.

Prezidentství Václava Klause
Premiér Vladimír Špidla 14. března 2003 navrhl odvolat ministra průmyslu Jiřího Rusnoka a jmenovat ministrem Milana Urbana. Václav Klaus reagoval vyhlášením, že Špidlovi vyhoví, ale chce vědět, jestli Urban ovládá alespoň jeden světový jazyk a zda je změna vlády konečná. Václav Klaus Urbana jmenoval 19. března poté, co mu Špidla sdělil, že další změny neplánuje a mluvčí vlády oznámila, že Urban mluví anglicky a francouzsky.
Prezident Václav Klaus měl výhrady ke jmenování ministrů zahraničí, kultury a školství roku 2007, ale nakonec návrhy akceptoval. Václav Klaus prohlásil: „I z důvodů velmi křehkých vztahů s Rakouskem nedovedu pochopit, že by předseda vlády mohl považovat za vhodné, aby funkci ministra zahraničí zastával navržený Karel Schwarzenberg.“.
Prezident Václav Klaus nevyhověl návrhu premiéra Vladimíra Špidly (ČSSD) na jmenování Zdeňka Koudelky (ČSSD) ministrem spravedlnosti v červnu 2004. S návrhem sice souhlasil, ale pro zhoršení politické pozice premiéra v jeho vlastní straně se rozhodl zrušit již naplánovaný jmenovací akt a posečkat, neboť byla očekávána demise předsedy vlády, což se také stalo, a prezident Špidlovu demisi přijal 1. 7. 2004, kdy až do jmenování nové vlády Stanislava Grosse (ČSSD) 4. 8. 2004 pověřil právě předsedu vlády v demisi Špidlu řízením Ministerstva spravedlnosti.
Příkladem negativního postoje ke jmenování člena vlády na návrh premiéra je postoj prezidenta republiky Václava Klause z října 2005, který jmenování Davida Ratha ministrem zdravotnictví podmínil jeho rezignací na post předsedy České lékařské komory a do tohoto rozhodnutí odmítal návrh premiéra Jiřího Paroubka na jmenování. Řízením ministerstva byl přechodně pověřen místopředseda vlády a ministr práce a sociálních věcí Zdeněk Škromach, který Ratha jmenoval 1. náměstkem ministra zdravotnictví. Prezident Ratha jmenoval ministrem až 4. 11. 2005 po splnění svého požadavku. I při vlastním jmenovacím aktu dozníval tento spor, když prezident Klaus nepopřál novému ministrovi a nepřipil si s ním, což je zvyklost. Akt se omezil na předání dekretu a prezident novému ministrovi podal ruku a po krátkém rozhovoru odešel.
Personální unie ministra a šéfa příslušné profesní samosprávy je projevem střetu zájmu, neboť zájmy státu a profesní samosprávy v témže rezortu mohou být odlišné. Proto povaha funkce předsedy profesní komory odporuje výkonu funkce ministra, byť to výslovně zákon nevylučuje. Na Slovensku v obdobné situaci, kdy byl 4. 4. 2012 ministrem spravedlnosti jmenován Tomáš Borec, dosavadní předseda advokátní komory, post předsedy komory opustil před svým jmenováním.
Václav Klaus po odchodu z funkce v srpnu 2019 uvedl, že prezident může o návrhu rozhodnout a není povinen návrhu předsedy vlády vyhovět a dále řekl, že před oficiálním návrhem vedl konzultace s předsedy vlády a dosáhl toho, že někteří kandidáti nebyli pro stanovisko prezidenta republiky vůbec premiérem navrženi. Ve vyjádření pro zpravodajský web Seznam.cz ke jmenování ministrů uvedl: "Podívejte, já jsem byl předsedou vlády, já jsem byl ministrem, já jsem byl prezidentem. Já vím, že to je strašně těžká věc. Ten prezident občas prostě vzdychá, skřípá zuby, myslí si, že tento člověk nemá být v žádném případě ministrem. Snažíte se tomu bránit. Já jsem třeba opakovaně mluvil s předsedy vlády, kteří mi navrhovali nějakého ministra. Já jsem říkal: To jste se zbláznili. Tohohle člověka, to přeci nemůžete myslet vážně. Že by ten člověk měl být ministrem. Pak třeba předsedové vlády couvli a řekli, tak my přijdeme s někým jiným.". Na otázku, zda porušil jeho nástupce prezident Miloš Zeman ústavu, když odmítl návrh jmenovat Michala Šmardu ministrem kultury, Václav Klaus uvedl: "Ne, nevěřím tomu. Opravdu, nikdo jiný v téhle zemi nemá tolik zkušeností s ústavou jako já za těch 30 let. ...Takže podívejte, opravdu ne. Prezident není pošťákem, který jmenuje a odvolává. Kdyby měl bez váhání jmenovat a odvolat, tak to nemusí být žádný prezident, to může dělat automat nebo robot a to myslím, že tvůrci ústavy neměli na mysli.".

Prezidentství Miloše Zemana
Prezident Miloš Zeman odmítl 23. 2. 2017 ústní návrh předsedy vlády Bohuslava Sobotky, aby jmenoval Tomáše Prouzu ministrem průmyslu a obchodu. Sobotka tak učinil při rozhovoru s prezidentem na Pražském hradě, když však prezident akceptoval jeho návrh na odvolání stávajícího ministra Jana Mládka. Oba účastníci zprvu podrobnosti mediálně nerozebírali. Nicméně v rozhovoru pro Parlamentní listy 8. 4. 2017 Miloš Zeman v reakci na Prouzovo tvrzení, že si Pražský hrad najal lobbisty pro přípravu návštěvy Miloše Zemana v USA, prohlásil: "Je to sice neskutečná drzost, ale já pana Prouzu tak trochu chápu, protože i díky mému zásahu se nestal ministrem průmyslu a je tedy zatrpklý až vzteklý.". Na další otázku redaktora Radima Panenky: "Před nedávnem jsem se Vás ptal na to, zda premiér Sobotka tehdy na schůzce s Vámi navrhoval Prouzu po Janu Mládkovi do čela Ministerstva průmyslu a obchodu, což jste tehdy nekomentoval. Mohu brát Vaši poslední větu jako potvrzení?", prezident Zeman s úsměvem odpověděl: "Můžete to brát jako náznak.".
Řešením bylo to, že prezident odvolal Jana Mládka z postu ministra 28. 2. 2017 a zároveň s účinností od 1. 3. 2017 pověřil řízením ministerstva premiéra Bohuslava Sobotku. Prezident Miloš Zeman vyhověl až dalšímu návrhu premiéra Sobotky a od 4. 4. 2017 jmenoval ministrem průmyslu a obchodu Jiřího Havlíčka.
V rámci vzniku druhé vlády Andreje Babiše na jaře 2018 navrhla sociální demokracie na ministra zahraničí Miroslava Pocheho, který však byl nepřijatelný pro prezidenta Miloše Zemana. Andrej Babiš sice Pocheho navrhl 25. 6. 2018 na ministra zahraničí. Ve stejný den však navrhl i Jana Hamáčka na přání prezidenta, který o to požádal dopisem z 24. 6. 2018. Prezident Pocheho nejmenoval a 27. 6. 2018 pověřil řízením Ministerstva zahraničních věcí předsedu sociální demokracie Jana Hamáčka, který byl zároveň jmenován místopředsedou vlády a ministrem vnitra, což Andrej Babiš navrhl alternativně. Předseda vlády Andrej Babiš postup prezidenta akceptoval a odmítl návrhy, že by si jmenování ministra měl vysoudit kompetenční žalobou u Ústavního soudu. Poche se pokusil v dohodě s Hamáčkem fakticky převzít řízení Ministerstva zahraničních věcí, aniž by však byl jmenován alespoň náměstkem, protože by musel rezignovat na post poslance Evropského parlamentu. Působil jako neplacený politický tajemník, kteroužto pozici právní řád neznal. Avšak ministerstvo řídí ministr. Poche se nechtěl smířit s tím, že byl prezidentem odmítnut. Jeho jednání bylo projevem touhy člověka po vládní funkci. Lze vzpomenout výroku Haškova Švejka: "Takovej byl vytrvalej, že by se moh stát ministrem nebo poslancem.". Hamáček byl ministrem zahraničí až do jmenování nového ministra Tomáše Petříčka 16. 10. 2018.
Andrej Babiš vystihl podstatu parlamentní demokracie. V ní je pro stabilitu vlády nutná podpora parlamentu nebo prezidenta. Charakteristikou většiny našich vlád bylo, že měly slabou parlamentní podporu kvůli širokým, ideově nesourodým koalicím. Navíc v největší vládní straně docházelo k odchodu poslanců a vzpourám proti premiérovi. Premiér, který nemá pevnou oporu v rozhádané parlamentní většině, nemůže bojovat s prezidentem republiky. To však premiéři činili. Proto jejich vlády trpěly nestabilitou. Jen vláda Miloše Zemana 1998-2002 měla pevnou pozici v Poslanecké sněmovně díky opoziční smlouvě a mohla se postavit proti ambicím prezidenta Václava Havla.
Babiš pochopil, že bude-li mít jako předseda vlády podporu prezidenta republiky, může dosáhnout stabilního vládnutí bez ohledu, nakolik bude soudržná vládní podpora v Poslanecké sněmovně. Sestavoval totiž menšinovou koaliční vládu ANO a sociální demokracie s podporou nevládní Komunistické strany Čech a Moravy. Přitom podpora komunistické strany byla proměnlivá a sociální demokracie trpěla vnitřním rozkolem. Proto Andrej Babiš chtěl mít souhlas prezidenta republiky pro personální složení vlády. Předseda vlády sice jednotlivé ministry navrhuje, ale prezident je jmenuje. Bez prezidentova souhlasu se nikdo ministrem nestane. Úvahy, že by se premiér o jmenování ministra soudil u Ústavního soudu, jsou dětinské. Předseda vlády a prezident mají spolupracovat a ne se soudit. Je jisté, že někteří ústavní soudci by rádi zasahovali do jmenování vlády a jako si uzurpovali možnost rušit ústavní zákony, přisvojí si jakoukoliv pravomoc, která povede k růstu jejich moci. Rádi by po vzoru italské Velké fašistické rady nebo politického byra komunistické strany řešili úplně vše od homosexuálních manželství až po jmenování ministra. Volby by se staly jen demokratickou kulisou.
Andrej Babiš si byl vědom, že slabostí Špidly, Grosse, Paroubka, Topolánka, Nečase i Sobotky bylo, že měli problém se stabilitou vládní většiny v parlamentu a zároveň bojovali s prezidentem republiky. Andrej Babiš sestavil vládu v dohodě s prezidentem. V tom jednal moudře.
Dne 20. 5. 2019 podal demisi na nátlak vedení sociální demokracie v čele s předsedou strany Janem Hamáčkem ministr kultury za sociální demokracii Antonín Staněk za tuto stran a to s účinností k 31. 5. 2019. Bylo to v důsledku toho, že odvolal pro chyby v hospodaření ředitele Národní galérie Jiřího Fajta, který měl však zastání pražských protizemanovských kruhů. Důvodem odvolání bylo, že Fajt podepsal smlouvu za galérii sám se sebou, přičemž šlo o 1,2 milionu korun pro Fajta z peněz galérie. Tento důvod odvolání je legitimní. Jestliže šéf právnické osoby uzavírá smlouvu sám se sebou, je ve střetu zájmů. Proto je nutná obezřetnost. U obchodních společností zákon výslovně stanoví, že uzavře-li statutární orgán smlouvu za společnost sám se sebou, musí o tom informovat toho, kdo jej do funkce jmenoval, aby smlouva nepoškozovala společnost, přičemž mu příslušné právní jednání může být zakázáno. A takový postup se má uplatnit u všech právnických osob. Vyplacení milionu řediteli příspěvkové organizace mimo plat je neobvyklé. Žádný ředitel školy, krajského muzea či divadla by si to nedovolil bez souhlasu zřizovatele, který jej do funkce jmenoval. Pakliže tisícům ředitelů příspěvkových organizací i starostům by něco takového tolerováno nebylo, nebyl důvod u Fajta postupovat jinak.
Prezident republiky Miloš Zeman hodnotil odvolání Fajta jako správnou reakci na nekalé hospodaření se státními prostředky a rozhodl 28. 5. 2019, že nepřijímá demisi ministra kultury Staňka. Vedení sociální demokracie v čele s předsedou Janem Hamáčkem si vymohlo od premiéra Andreje Babiše to, že podal 31. 5. 2019 návrh na odvolání Staňka a jmenování nového ministra Michala Šmardy, který byl místopředsedou sociální demokracie a starostou Nového Města na Moravě. Jinak sociální demokracie hrozila odchodem z vlády. Prezident se snažil najít smír mezi Staňkem a vedením sociální demokracie, což se však nepodařilo. Rovněž navrhoval, aby premiér počkal s odvoláváním Staňka na výsledek prověřování trestních oznámení podaných ministrem kultury ve věci porušování povinností při správě státního majetku odvolaným ředitelem Národní galérie Jiřím Fajtem. To však Babiš správně neakceptoval, protože takové prověřování u nás trvá i roky a policie a státní zastupitelství by získaly vliv na jmenování vlády. Staňka prezident republiky odvolal 29. 7. 2019 ke dni 31. 7. 2019. Zároveň odsunul rozhodnutí o jmenování Šmardy novým ministrem na polovinu srpna a 14. 8. 2019 oznámil jeho mluvčí Jiří Ovčáček, že prezident Šmardu ministrem kultury nejmenuje, protože pro řízení rezortu nemá odborné předpoklady. V tomto kroku podpořil prezidenta 16. 8. 2019 i předseda vlády Andrej Babiš, který prohlásil, že už se Šmardou být ve vládě nechce. Předseda vlády pak na podnět předsedy sociální demokracie navrhl nového ministra kultury Lubomíra Zaorálka, kterého prezident jmenoval 27. 8. 2019.
V parlamentní republice je obvyklé, že většinou vyhovuje prezident návrhům premiéra na jmenování, ale pokud dojde k závěru, že nehodlá návrhu vyhovět, je to možné. Jmenování člena vlády je jeho ústavní pravomocí. Prezident Miloš Zeman do 27. 10. 2019 jmenoval čtyři vlády (J. Rusnoka 2013, B. Sobotky 2014, první A. Babiše 2017 a druhou A. Babiše 2018). V rámci těchto vlád jmenoval na návrh premiérů celkem 74 členů vlády (místopředsedů a ministrů). Odmítl jen ústní návrh Bohuslava Sobotky na jmenování Tomáše Prouzy a návrhy Andreje Babiše na jmenování Miroslava Pocheho a Michala Šmardy. Poměr prezidentem vyhověným a nevyhověným návrhům je 74:3. Z celkového počtu 77 návrhů nevyhověl 3,9% návrhů, což je v rámci zvyklostí parlamentní republiky.

Zahraniční exkurz
Slovenský prezident Michal Kováč odmítl jmenovat Ivana Lexu (HZDS) na návrh premiéra Vladimíra Mečiara (HZDS) ministrem pro správu a privatizaci národního majetku v listopadu 1993. Podle vzpomínek vedoucího prezidentské kanceláře, kterému prezident tlumočil obsah hovoru, premiér prezidenta „důrazně požádal, aby jmenoval Lexu ministrem privatizace. Hnutí za demokratické Slovensko prý má finanční problémy, budou předčasné volby a je třeba shánět peníze. Když Lexa jako ministr privatizace splní svou úlohu, premiér jej, jak řekl, kopne do zadku.“ Prezident nejmenování zdůvodnil: „Pán Lexa nesplňa predpoklady na vykonávanie tejto funkcie a pretože ho poznám osobne, nemá ani moju osobnú dôveru.“. Nesouhlas prezidenta byl částečně obejit tím, že řízením ministerstva byl prezidentem pověřen, po přijetí demise předchozího ministra Ľubomíra Dolgoše (HZDS), od 22. 6. 1993 přímo premiér Mečiar. Vláda jmenovala Lexu státním tajemníkem na ministerstvu a fakticky úřad řídil až do pádu vlády v březnu 1994.
V květnu 2001 nevyhověl slovenský prezident Rudolf Schuster po odvolání ministra vnitra Ladislava Pittnera (Slovenská demokratická a křesťanská unie) návrhu předsedy vlády Mikuláše Dzurindy (Slovenská demokratická a křesťanská unie), aby až do jmenování nového ministra pověřil řízením ministerstva vnitra premiéra Dzurindu, ale ze své vůle pověřil touto funkcí ministra spravedlnosti Jána Čarnogurského (Křesťanskodemokratické hnutí).
Dne 23. 11. 2011 na návrh předsedkyně vlády Ivety Radičové zrušil slovenský prezident Ivan Gašparovič pověření výkonem funkce ministra obrany Ľubomíra Galka ze strany Svoboda a solidarita po zjištění, že Vojenské obranné zpravodajství odposlouchávalo novináře. Předsedkyně vlády Iveta Radičová navrhla do této funkce dalšího kandidáta z téže politické strany. Prezident však post odmítl této straně ministerstvo ponechat a dne 28. 11. 2011 pověřil řízením rezortu předsedkyni vlády. Běžnou agendu řídil státní tajemník Ministerstva obrany Róbert Ondrejcsák. Při pověřování řízením ministerstva, na rozdíl od jmenování ministra, není slovenský prezident vázán návrhem premiéra. Tehdejší slovenská vláda byla již po ztrátě parlamentní důvěry odvolána a vykonávala své funkce jen z pověření prezidenta do jmenování vlády nové.
V březnu 2018 slovenský prezident Andrej Kiska odmítl akceptovat návrh na jmenování vlády předložený 19. 3. 2018 Peterem Pellegrinim (Směr-sociální demokracie), kterého předtím pověřil sestavením vlády, pro nesouhlas s nominací Jozefa Ráže ml. na ministra vnitra. Požádal Pellegriniho, aby mu předložil do pátku 23. 3. 2018 návrh nový, čemuž se Pellegrini podrobil a již ve středu 21. 3. 2018 předložil změněný návrh vlády. V něm navrhl na ministra vnitra Tomáše Druckera. Ten byl původně navržen jako ministr zdravotnictví. Proto na ministryni zdravotnictví navrhl Andreu Kalavskou. Návrh prezident přijal a vládu jmenoval 22. 3. 2018.
Při návštěvě slovenské prezidentky Zuzany Čaputové u prezidenta Miloše Zemana 16. 11. 2021 v Ústřední vojenské nemocnici, kde byl Miloš Zeman léčen, a probíhalo sestavování nové vlády Petra Fialy, prohlásila Zuzana Čaputová, že vetovala několik uchazečů o post ministra. Tuto informaci uvedl Miloš Zeman v rozhovoru 17. 11. 2021 pro televizi NOVA, neboť sám nesouhlasil s kandidátem na ministra zahraničí Jana Lipavského z České pirátské strany,
Na Slovensku Ústavní soud v Košicích judikoval, že bez projevu vůle prezidenta nedojde ke vzniku ani zániku členství ve vládě a že prezident se musí návrhem premiéra zabývat, nikoliv mu vyhovět. V komentáři slovenské ústavy k premiérovu návrhu na jmenování ministra to Ján Drgonec vyjádřil slovy: „Prezident SR může odmítnout jmenovat navrhnutého kandidáta, ale nemůže jmenovat za člena vlády osobu, kterou nenavrhl předseda vlády.“.
I v kancléřském systému německém odmítl spolkový prezident Theodor Heuss v roce 1953 návrh kancléře Konrada Adenauera jmenovat ministrem spravedlnosti Thomase Dehlera. Kancléř vzal svůj návrh zpět a prezidentovi předložil návrh jiný, který již prezident akceptoval. T. Dehler (FDP) přitom tento post zastával v první Adenaurově vládě 1949-53. Nástupce prezidenta T. Heusse (1949-59) spolkový prezident Heinrich Lübke (1959-69) již návrh Konrada Adenauera (CDU) na jmenování ministrů přijal, i když vyjádřil politický odstup vůči navrženému ministru výživy, zemědělství a lesnictví Werneru Schwarzovi (CDU, 1959-65) a zahraničí Gerhardu Schröderovi (CDU, 1961-66). V zásadě je rozhodující, kdo má pevnější nervy, zda prezident, nebo kancléř.
V Rakousku prezident Thomas Klestil odmítl roku 2000 jmenovat dva ministry za pravicovou stranu Svobodní, navrhované kancléřem Wolfgangem Schüsselem z Rakouské lidové strany v jeho první koaliční vládě. To se však stalo formou předběžných konzultací, kdy Schüssel, vědom si problematičnosti koaličního partnera, na něhož reagovala Evropská unie diplomatickým bojkotem, si předem chtěl zajistit personální shodu s prezidentem na členech vlády. Rovněž v rakouské právní teorii panuje shoda, že prezident není povinen učinit to, co je mu navrhováno, včetně návrhu kancléře na jmenování člena vlády. Možnost odmítnutí premiérova návrhu na jmenování členem vlády uvádí pro Portugalsko Vendula Šorfová.
V květnu 2018 odmítl italský prezident Sergio Mattarella jmenovat odpůrce eura Paolo Savonu ministrem financí. Designovaný premiér Giuseppe Conte, který jej navrhl, se pak vzdal sestavování vlády. Prezident v rozporu s přáním vítězů voleb pověřil sestavením vlády Carla Cottarelliho. Ten však neuspěl a již 31. 5. 2018 byl znovu pověřen sestavením vlády G. Conte, který dohodl s prezidentem kompromis, kdy P. Savona se nestal ministrem financí, ale ministrem pro evropské záležitosti. Conteho nová vláda byla jmenována 1. 6. 2018.

Nejmenování jiných funkcionářů
Dne 30. 1. 2002 prezident Václav Havel odmítl (odložil na neurčito) jmenování Petera Mikuleckého rektorem Univerzity Hradec Králové. Do této funkce byl Mikulecký navržen akademickým senátem univerzity 25. 10. 2001. Havel jej odmítl jmenovat pro nejasnosti jeho lustrace ve věci spolupráce se Státní bezpečností a tento kandidát se nakonec 11. 3. 2002 vzdal své nominace. Následně akademický senát navrhl jeho manželku Jaroslavu Mikuleckou, kterou již prezident jmenoval.
Václav Havel 13. 6. 2002 odmítl návrh Poslanecké sněmovny z 25. 4. 2002 na jmenování viceprezidenta Nejvyššího kontrolního úřadu Františka Brožíka za sociální demokracii i jeho prezidenta Lubomíra Voleníka za Občanskou demokratickou stranu s odůvodněním, že žádá návrhy od nově zvolené Poslanecké sněmovny (poslanecké volby 14.-15. 6. 2002). Ve skutečnosti jeho odpor vycházel z nechuti, že Poslaneckou sněmovnu ovládali v letech 1998-2002 dvě nejsilnější strany - vládní sociální demokracie Miloše Zemana a opoziční Občanská demokratická strana Václava Klause přičemž na základě vzájemné dohody mělo vedení Nejvyššího kontrolního úřadu připadnout opozičním občanským demokratům. Václav Havel na situaci reagoval slovy pronesenými vůči skupině lidoveckých politiků (Josef Lux, Miloslav Výborný, Jan Kasal, přítomen byl i ředitel Politického odboru Kanceláře prezidenta republiky Jiří Pehe): "Já budu jmenovat prezidentem NKÚ, já nejsem žádnou smlouvou ničím zavázán, koho budu chtít.". Voleníka nakonec jmenoval, Brožíka ne. Nově zvolená Poslanecká sněmovna prezidentu vyhověla a navrhla jiného kandidáta, bývalého poslance sociální demokracie z Moravy Dušana Tešnara ze sociální demokracie, kterého Václav Havel jmenoval viceprezidentem Nejvyššího kontrolního úřadu 9. 1. 2003.
Dne 17. 7. 2014 odmítl prezident Miloš Zeman jmenovat předsedou Krajského soudu v Ústí nad Labem kandidáta navrženého ministryní spravedlnosti Helenou Válkovou Jana Veselého a ústně to zdůvodnil jeho neuspokojivými výsledky v dosavadní funkci předsedy Okresního soudu v Mělníku. Helena Válková uvedla 17. 1. 2019, že prezident odmítl její návrh na jmenování předsedy krajského soudu, když sama nebyla plně o návrhu přesvědčena.

Z knihy ZDENĚK KOUDELKA: Prezident republiky, 2. vydání Leges Praha 2018, 376 stran.