Ministerstvo spravedlnosti připravilo změnu jmenování a odvolání vedoucích státních zástupců. Byť po pádu vlády návrh nepostoupí do Parlamentu, lze vítat změnu jmenování a odvolání tak, že se na něm podílí vždy dvě osoby a v případě nejvyššího státního zástupce prezident a vláda. Návrh ruší právo ministra samostatně odvolat vedoucího státního zástupce. Nutnost souhlasu dvou subjektů na změně vedoucího státního zástupce vede k širší shodě na ustavení vedoucích státních zástupců. Slovní podmínka pro odvolání vedoucího státního zástupce - závažné porušení povinností, jako záruka obecně uznávané shody na změně vedoucího státního zástupce je neúčinná, což dokládá případ krajského státního zástupce Jiřího Křivance, který byl ministrem odvolán, protože nevyhověl jeho požadavku na změnu svého rozhodnutí o obsazení postu vedoucího oddělení vlastního úřadu. Je nutno ocenit, že se Jiří Křivanec o setrvání ve funkci nesoudí, jelikož jinak by státní zastupitelství bylo zahlceno žalobami odvolaných vedoucích státních zástupců. Protože soudy rozhodují po delší době, vzniká právní nejistota, kdože je vlastně tím vedoucím státním zástupcem.

Ovšem vedle posílení personální autonomie je důležitá i rozpočtová autonomie státního zastupitelství ve formě vlastní rozpočtové kapitoly. Rozpočtová nesamostatnost vede k finanční závislosti na Ministerstvu spravedlnosti. Dnes nemůže státní zastupitelství samo rozhodovat o svých rozpočtových prioritách, byť má příslušné finanční prostředky. Je možné zřídit rozpočtovou kapitolu pro státní zastupitelství oddělenou od Ministerstva spravedlnosti, vždyť autonomní finanční správu měla prokuratura až do roku 1994. I dnes mají orgány s mnohem menším počtem zaměstnanců vlastní rozpočtovou kapitolu - např. Kancelář veřejného ochránce práv či Úřad pro ochranu hospodářské soutěže.