V tisku se objevily informace, že církevní restituce snad mohou prolomit Benešovy dekrety č. 12 a 108/1945 Sb. Přitom restituční zákon výslovně obsahuje, že se majetek podle nich zabavený nevydává. Ovšem toto ustanovení je zbytečné. Zmíněné dekrety se týkaly nepřátelského majetku osob německé a maďarské národnosti a zrádců, majetku Německé říše, Království maďarského a veřejných právnických osob zřízených podle jejich práva. Ovšem žádná církev, které se dnes má majetek vracet, nebyla v postavení nepřátelské německé nebo maďarské osoby. Pokud došlo k zabavení majetku nad rozsah Benešových dekretů, šlo o jejich zneužití. Roku 1945 byl fakticky zabrán majetek jen německé církvi evangelické Čech, Moravy a Slezska. Její příslušníci byli jako Němci odsunuti a majetek byl opuštěn. Nicméně to, že faktický zábor majetku německé evangelické církve se právně neopíral o Benešovy dekrety, si uvědomoval československý stát i po únoru 1948 a proto vydal retroaktivní zákon č. 131/1948 Sb., o likvidaci právních poměrů německé evangelické církve v Čechách, na Moravě a ve Slezsku s tím, že zábor majetku provedl zpět k 4. 5. 1945. Jen tato církev byla postižena jako nepřátelská osoba, dnes u nás nepůsobí a církevní restituce se jí netýkají.

Katolická církev, které byl zabaven největší díl majetku, není organizována národně, ale územně. Odsun německých věřících se právně nedotkl existence biskupství, děkanství, kostelů či farností. Biskup je řídící osobou územní církve nehledě na to, zda jako česky mluvící vedl německé věřící či naopak. Odsun Němců způsobil, že byli odsunuti německy mluvící řeholníci a kněží, to se však netýkalo existence právnických církevních osob. Příkladem je, že 9. 2. 2012 starobrněnské augustiniánské opatství získalo zpět z Německa rukopis proslulého spisu bývalého opata a zakladatele genetiky Gregora Johanna Mendela Pokus s rostlinnými hybridy. Ten byl v Německu uchováván bývalými německými řeholníky odsunutými z Brna. To, že právní kontinuita starobrněnského opatství se nezměnila, vedlo k vydání této součásti moravského historického dědictví opatství na Starém Brně.
Ve volební kampani 2013 se objevilo téma církevních restitucí a část politiků vyrukovala s nápadem na jejich omezení. Je však nutné oddělit právní a politické kroky. Politickým cílem je získat rétorikou o omezení církevních restitucí hlasy. Ale slibovat lze jen, co je právně možné. Neb jak pravil Aristoteles: „Je mi přítelem Platón, ale větší přítelkyní je pravda.“
Změna církevních restitucí referendem nebo zákonem bez dohody s církvemi je právně nemožná. V našem právním řádu lze vyvlastnit majetek jen za náhradu. Stejně to platí vůči majetkovému nároku, který již vznikl, byť má být naplněn v budoucnu.
Máme zkušenost, když zákonodárce původně rozhodl, že se trvalé užívání státních pozemků mění na vlastnictví osob, které právo trvalého užívání měly. Pak si to rozmyslel a ještě před účinností, ale již za platnosti zákona, který měnil trvalé užívání pozemků na vlastnictví, byl přijat nový zákon, který to rušil. Ústavní soud však vrtkavost zákonodárce nepřijal a řekl, že platným, byť ještě neúčinným, zákonem založený majetkový nárok požívá ústavní ochrany. Změna zákona, která rušila původní zákonné ustanovení o změně trvalého užívání na vlastnictví, byla Ústavním soudem zrušena. Tím spíše by Ústavní soud zrušil zákon, ať přijatý Parlamentem či referendem, o tom, že se zrušuje bez náhrady majetkový nárok vzniklý na základě účinného zákona a následně uzavřených smluv mezi státem a církvemi. V právním státě je nutná jistota. Noví držitelé moci musí respektovat předchozí práva daná zákonem, byť se jim nelíbí. Mají však jistotu, že až moc ztratí, jejich nástupci budou respektovat právní vztahy založené jejich zákony.
Jedinou možností změny církevních restitucí je, že finanční náhrada, která se vyplácí za nevydávaný původně církevní majetek, jenž nyní nepatří státu, bude snížena náhradou za to, že by se nově vydával církevní majetek ve vlastnictví obcí a dalších osob jako při restitucích fyzických osob a tělovýchovných spolků v 90. letech 20. st. Obce věděly, když jim stát tento majetek od roku 1991 postoupil, že jde o původní majetek církví, který byl státem zabaven a může být předmětem restituce. Nesměly jej dále zcizovat na základě blokačního ustanovení v zákoně o půdě.