Jan Zahradil v článku Na štíru s Ústavou
kritizuje smlouvu se Svatým stolcem, přičemž se dopustil nepřesností. Autorství smlouvy připsal vládě Vladimíra Špidly, avšak ta byla odsouhlasena vládou Miloše Zemana. Další nepravdivé tvrzení je, že není určitě označena druhá strana, ale Svatý stolec je jeden z nejstarších subjektů mezinárodního práva a většina států s ním má diplomatické styky. I komunistické Československo uznávalo mezinárodní subjektivitu Svatého stolce, byť s nim přerušilo diplomatické styky, ale účastnilo se řady mezinárodních jednání s ním, a to i v rámci helsinského procesu o bezpečnosti a spolupráci v Evropě. Též je tvrzeno, že není jasné, zda jde o běžnou mezinárodní smlouvu či smlouvu o základních lidských právech s předností před zákonem. Od roku 2002 naše ústava nestanoví přednost před zákonem jen smluv o lidských právech, ale všech mezinárodních smluv, k jejichž ratifikaci dal Parlament souhlas.

Výhrady nepotvrzují, že smlouva je špatná. Princip mezinárodních smluv je založen na tom, že státy se dobrovolně zavazují k určitému chování. Zdánlivě by mohlo jít o omezení suverenity. Podstatné je, že stát sjednává smlouvy dobrovolně a jsou vypověditelné. Smlouva se Svatým stolcem nepřekračuje tyto limity.
Smlouvě je vyčítáno, že katolická církev bude mít jiné postavení než ostatní církve. To však platí i dnes. Jednak proto, že katolická církev má pod označením Svatý stolec mezinárodně právní subjektivitu, což jiné církve nemají, a též protože katolická církev je u nás církví největší. Náš stát uznává i dnes kanonické právo této církve i církví jiných. To potvrdil Ústavní soud, když uznal, že na vztah duchovního a jeho církve se vztahují církevní předpisy, nikoli zákoník práce. Právní autonomie církví je dána již naší Listinou základních práv a svobod. Smlouva se Svatým stolcem neoslabuje suverenitu státu. Smlouva má pomoci uspokojení náboženských potřeb značné části obyvatelstva a i když jiná část se deklaruje ateisticky, tak ji tato smlouva neohrožuje. Stát často dělá věci ve prospěch jen určitých skupin (tělesně postižení, důchodci), což neznamená, že takovéto státní snažení je špatné.