Petr Uhl v článku Má být státní zástupce nezávislý? (Právo 14. 7. 2008 s. 6) tvrdí, že od března 2002 nesmí Nejvyšší státní zastupitelství zasahovat do živých věcí jiných složek s výjimkou vrchních státních zastupitelství. Ve skutečnosti to je od změny prokuratury na státní zastupitelství 1994, od kdy je nejvyšší státní zastupitelství nadřízeno jen vrchním, ne jiným státním zastupitelstvím. To neplatí, když zákon připouští ingerenci vyšších státních zastupitelství při odnětí a přikázání věci a sporech o příslušnost společně vyšším státním zastupitelstvím či právo nejvyššího státního zástupce určit státního zástupce okresního a krajského státního zastupitelství k dozoru výchovných ústavů a věznic. Roku 1994 se zavedlo státní zastupitelství po vzoru první Československé republiky, jež se vyznačovala slabým Nejvyšším státním zastupitelstvím, které jen zastupovalo stát u Nejvyššího soudu a nemělo žádnou moc nad nižšími složkami. To vzniklo převzetím práva rakouské monarchie, jež byla federálním státem tvořeným zeměmi. Zde byla silná vrchní zemská státní zastupitelství v čele s generálním prokurátorem, později vrchní či zemský prokurátor, jemuž byla podřízena krajská státní zastupitelství a funkcionáři státního zastupitelství u okresních soudů. Vznikl i celorakouský Nejvyšší soudní a kasační dvůr a při něm generální prokurátor, který nebyl nadřízen zemským a byl podřízen panovníkovi jako rakouskému císaři skrze Ministerstvo práv. Obdobně zemští prokurátoři byli skrze ministerstvo podřízeni panovníkovi jako vévodovi slezskému či markraběti moravskému. Československý a pak český unitární stát převzal model státního zastupitelství federálního státu.

Postupně vzniklo volání po změně státního zastupitelství pro jeho fungování v unitárním státě. V roce 2002 bylo proto posíleno Nejvyšší státní zastupitelství. Slovně bylo posílení Nejvyššího státního zastupitelství vyváženo větou, že nesmí zasahovat do živých věcí nižších složek s výjimkou vrchních státních zastupitelství. To byla deklarace platného stavu, jelikož z ústavy státní orgán může činit jen to, co zákon stanoví. Popis toho, co státní orgán nesmí, má stejné důsledky, jako když o tom zákon mlčí.