Spor o rozpočet Akademie věd otevřel diskusi o celkovém postavení akademie. Po listopadu 1989 odpůrci akademie spatřovali budoucnost výzkumu především na vysokých školách a akademii považovali za zbytečnou. Přesun základního výzkumu na vysoké školy se plně nezdařil, byť se významně posílil. Vysoké školy zůstávají především vzdělávacími institucemi, i se zřetelem ke vzniku nových vysokých škol, které nemají ani plnou akreditaci na doktorský stupeň vzdělání a kde výzkumná složka hraje malou roli. Proti této skutečnosti stojí myšlenka výzkumných univerzit. Tato myšlenka má však daleko k naplnění, jelikož financování veřejného vysokého školství je konzervativní a prim hraje počet studentů bez ohledu na kvalitu vysoké školy.

I dnes je postavení Akademie věd důležité. Navíc ne každý úspěšný vědec je dobrý pedagog. Že dochází ke sporům mezi vysokými školami a akademií je logické, neboť budou bojovat o peníze ze státního rozpočtu. Ale rozumná míra konfliktu slouží k nalézání dobrého řešení problému. Důležité je, aby akademie a vysoké školy nebyly vůči sobě uzavřeny. Je správné, aby lidé z akademie, mají-li zájem, působili jako externí učitelé na vysokých školách a vysokoškolští učitelé se podíleli na činnosti akademie. Samozřejmě i akademie musí zlepšovat své fungování. Jejím nedostatkem je, že většina ústavů je soustředěna především v Praze, zatímco vysoké školy jsou rozmístěny i v jiných velkých městech, která mají vědecký potenciál.
Správné je uznat i společenský význam akademie v těch sférách, které byly poznamenány likvidačními názory na akademii. Jde o likvidaci individuálního členství v akademii, které mělo po francouzském vzoru charakter společenského ocenění. Tuto úlohu bývalých akademiků a členů-korespondentů nahrazuje Učená společnost, která působí jako občanské sdružení a byla uznána v roce 2005 i zákonem o akademii věd, či v Brně působící Moravskoslezská akademie. Též je nesprávné zrušení titulu doktor věd (DrSc.), který byl akademií udělován vedle vysokých škol a který zůstal v řadě států východní Evropy. Rusko i Slovensko a Maďarsko tento titul nadále udělují a znamená vysoké vědecké uznání. Je totiž nesprávné, aby vynikající vědec nemohl po získání titulu doktor (Ph.D.) dosáhnout vyššího formálního uznání, pokud žije jen vědou a nemůže se stát docentem a profesorem, což je podmíněno pedagogickým působením. Akademie věd vědoma si tohoto dluhu začala roku 2004 udělovat opět titul doktor věc s novou zkratkou (DSc.) bez zákonného podkladu.
Ať je již vědecká činnost pěstována kdekoli, zaslouží si uznání státu. Je správné podporovat výzkum na vysokých školách, ale je také správné uznat funkčnost Akademie věd jako plnohodnotné vědecké instituce u nás.