O jeden největších průlomů v boji filosofie s teologií se nezasloužil filosof, ale anglický přírodovědec Charles Robert Darwin (1809 - 1882). Jestliže Koperníkovo učení o vesmíru církve postupně vstřebaly, u jeho teorie o vývoji živých organismů už to nebylo možné, a nezbylo jim proto než ji zamlčovat a přehlušovat nepravdami, neboť ji doložil obsáhlými výzkumy a nezvratnými důkazy. Bylo to další vítězství kritického myšlení nad myšlením mýtickým.

Nepřímým, avšak přesvědčivým důkazem oprávněnosti Darwinovy teorie je vývoj lidského plodu, který po početí prochází všemi stadii vývoje živočichů.

Samotný Darwin, než svou teorii publikoval, prošel jako věřící člověk těžkým vnitřním bojem, neboť si uvědomoval její důsledky, včetně možných dopadů na všeobecnou morálku. Svým příklonem k unitarismu ovšem bezděčně demonstroval nejen to, že morálka může být vyvozována i z jiných než katolických či evangelických zásad, ale též to, že víra může být v souladu se zdravým rozumem.

Citáty:
Obecný zákon, který vede k rozvoji všech organických bytostí: množte se, měňte se, nechte žít nejsilnější a zemřít nejslabší.
V dlouhých dějinách lidstva (a také živočišných druhů) zvítězili ti, kteří se naučili nejefektivněji spolupracovat a improvizovat.
Nepřežije ten fyzicky nejsilnější z druhu, ani ten nejinteligentnější. Přežije ten, kdo se nejlépe přizpůsobí změnám. Tento princip, podle něhož se každá drobná odchylka, je-li užitečná, zachovává, jsem nazval termínem přírodní výběr.
Neznalost častěji plodí sebedůvěru než vědomosti. Jsou to ti, kdo vědí málo, a ne ti, kdo vědí hodně a kdo proto tvrdí, že ten či onen problém věda nikdy nevyřeší.
Zavrhnout omyl je stejně dobrá služba, a někdy dokonce lepší, než stanovení nové pravdy nebo faktu.
Z běžného názoru, že každý druh byl stvořen nezávisle, nezískáme žádné vědecké vysvětlení.
Vědec by neměl mít žádná přání, žádné náklonnosti, měl by mít pouze kamenné srdce.
Miluji bláznivé experimenty. Stále je dělám.
Člověk, se všemi svými ušlechtilými vlastnostmi, ve svém tělesném rámci stále nese nesmazatelnou pečeť svého nízkého původu.
Jestliže bídu chudých nezpůsobují přírodní zákony, ale naše instituce, je to náš velký hřích.
Tajemství počátku všech věcí je pro nás neřešitelné a například já se musím spokojit s tím, že zůstanu agnostikem.
Kdybych měl svůj život prožít znovu, stanovil bych si pravidlo, že si alespoň jednou týdně přečtu nějakou poezii a poslechnu si nějakou hudbu.
Přestali jsme hledat příšery pod postelí, když jsme si uvědomili, že jsou v nás.
Nemám sklon slepě následovat příkladu jiných lidí.
Inteligence je založena na tom, jak efektivní se daný druh stal v konání věcí, které potřebuje k přežití.
Síla soustavného zkreslování je veliká.
Kromě lásky a soucitu vykazují zvířata i další vlastnosti spojené se sociálními instinkty, které bychom u nás lidí nazvali morálními.

Německý filosof a ideolog Karl Heinrich Marx (1818 - 1883) podal pronikavou kritiku liberálního kapitalismu. Navázal na Hegelovu dialektiku, jeho idealismus však opustil a inspiroval se materialismem jiného významného německého filosofa Ludwiga Feuerbacha. Nesporný historický význam těchto filosofů převrstvil tím, že jejich učení tendenčně přepracoval, doplnil a rozšířil. Pominul Malthuse a ostatní realisty a z Hegelovy dialektiky neopodstatněně dovodil učení o vývoji společnosti od beztřídního stavu (teze) přes třídní fázi (antiteze) k vyšší, beztřídní formě (synteze) neboli komunismu, slibujícímu nový, tentokrát pozemský ráj.
Marxovo „vědecké“ učení sice správně poukázalo na to, že buržoasie, šlechta a církve se svých neoprávněných výhod dobrovolně nevzdají, avšak obsahovalo fundamentální chybu: nepoučilo se z historie a hlásalo revoluci. Opomnělo, že násilí plodí jako reakci nové násilí, které je třeba potlačovat, a tím se společnost dostává do začarovaného kruhu, jehož nutným výsledkem je totalitní režim. V závěru života Marx sice tuto tezi zmírnil, avšak pozdě, neboť mezitím již zakořenila.
Jeho ideologie komunismu byla sice na jedné straně pokroková, na druhé straně však reakční a utopická, neboť nepřihlížela k téměř neměnné přírodní psychologické podstatě člověka, a napáchala proto, zejména v podobně marxismu-leninismu a maoismu nesmírné škody.

Citáty:
Filosofové svět pouze různě vykládali, jde však o to ho změnit.
Hegel kdesi poznamenává, že všechny velké, světodějné skutečnosti a osobnosti se vyskytují jakoby dvakrát. Zapomněl dodat: poprvé jako tragédie, podruhé jako fraška.
Dějiny jakékoli dosud existující společnosti jsou dějinami třídních bojů.
Svobodný a otrok, patricij a plebejec, pán a nevolník, cechmistr a tovaryš, jedním slovem utlačovatel a utlačovaný, stáli v neustálém protikladu, vedli nepřetržitý, tu skrytý, tu otevřený boj, který pokaždé skončil buď revoluční přestavbou celé společnosti, nebo společnou zkázou soupeřících tříd.
Utlačovaným je dovoleno jednou za několik let rozhodnout, kteří konkrétní představitelé utlačující třídy je budou zastupovat a utlačovat.
Právo je vůle vládnoucí třídy povýšená na zákon.
Despotismus musí být brutální a nemůže být humánní. Brutální vztah lze udržovat jen brutalitou.
Proletáři všech zemí, spojte se!
Poslední kapitalista, kterého pověsíme, bude ten, který nám prodal ropu.
Uhýbat před bojem, vyžaduje více obětí než boj sám.
Pravdy neznají hranice politického zeměpisu.
Utvářejí-li člověka okolnosti, je třeba dát okolnostem lidskou podobu.
Největším životním nebezpečím pro každého člověka je, že ztrácí sebe sama.
To, co máme, deformuje to, co jsme.
Jen ten národ je svobodný, který nebere svobodu jiným národům.
Náboženství je povzdechem utlačovaného tvora, srdcem bezcitného světa a duší bezduchých poměrů. Je opiem lidu.

Český básník, publicista, bohoslovec a politik Karel Havlíček Borovský (1821 - 1856) byl jedním z nejsoudnějších, vnitřně nejkonzistentnějších a nejpronikavěji myslících mužů své doby. Zralé střízlivosti a moudrosti dosáhl již ve velmi mladém věku. Po přečtení Marxova Manifestu komunistické strany napsal, že komunismus je bludné učení. V politice stál na sředových pozicích. Konzervatismus nechápal jako nutné záporný, neboť, co je prospěšné, je třeba uchovat. Oproti násilné revoluci hlásal nenásilnou evoluci, resp. „revoluci hlav a myslí“, a politické strany proto posuzoval hlavně podle toho, jak dbají o vzdělání všech vrstev společnosti. Po nedlouhém pobytu v Rusku se rozloučil s tehdy mezi Slovany rozšířenou a přijímanou myšlenkou, že by jim mohlo být oporou. Navzdory pronásledování bojoval za rozšíření pokroku a vyzýval k tomu i ostatní. Podle Masaryka byl „nedostižným vzorem demokratického žurnalisty“. Je autorem koncepce nepolitické politiky, která inspirovala Václava Havla, dnes i Milion chvilek.

Citáty:
Nehodno je nám lekat se před zlými; my nejsme slepými nástroji času, ale jsme jeho páni, jsme sami tvůrci svého osudu. Nesténejme zdětile ale chopme se činu jako muži. Svoboda nepřijde sama od sebe, my sami si ji musíme zasloužit v potu tváře a ze své vlastní síly po mnohá léta vzdělávat její půdu. Touto úrodnou půdou svobody je vzdělanost, ušlechtilost a statečnost.
Čím více se národ ve všem podrobuje libovůli vlády, tím nešetrněji se s ním nakládá.
Každý musí začít s demokracií sám u sebe a pak to půjde.
Meč bez teorie není než kus železa.
Kdo doufá sám v sebe, nalezl nejlepší podporu.
Každý nepravdivý důvod přesvědčuje jen do té míry, kolik má za sebou silných paží.
Jedna nepravda ze sebe rodí tisíce jiných a jedna libovůle zruší na tisíce pravd.
Slibujte si mi, poroučejte si mně, vyhrožujte si mně, přece zrádcem nebudu.
Svět je pořád stejný, lidé ho nezmění: plivni si stokrát do moře a ono se nezpění.
Málo lidí umí v politických věcech spojovat stálost a nezvratnost smýšlení s moudrým použitím okolností.
Jen národ zachovalý a vzdělaný může mít svobodu a s ní spojenou dobrou vládu..
Národ nevzdělaný, i kdyby byl celý zkrvácel samými revolucemi, přesto nedocílí svobody a práva, nýbrž bude vždy zase brzy ošizen a vtlačen nazpět do libovlády.
Národ mravně zkažený, byť by i byl vzdělaný, přece si svou pokažeností plete vždy sám na sebe metlu absolutismu.
Kdo chce dělat revoluce, musí nejdřív zvážit dvě věci: předně, má-li pevnou naději vyhrát, za druhé, má-li pevnou naději zavést po výhře lepší svobodu a lepší vládu než byla ta, proti které revoluci způsobil.
Jsou na světě jen dvě politické strany: strana poctivých a strana nepoctivých; poznáte a rozeznáte je podle toho, jak podporují školství.
Přijde čas, kdy kule a pumy ustoupí hlasovacím lístkům.
Kdo neumí živit sebe a svou rodinu zachovalým a řádným způsobem, nevěřte mu, že dovede dát radu, jak zlepšit stav země.
Zjevní absolutisté jsou mnohem méně nebezpeční než absolutisté tajní.
Kdosi nazval velmi trefně člověka zvířetem zvykovým, čímž se vyjadřuje, že člověk časem všemu zvykne a nepřemýšlí o tom.
To, jak každý člověk opravdu a upřímně smýšlí o původu světa a o svých povinnostech, to je jeho náboženství.
Neštěstím tohoto světa je, že se z každého náboženství postupně udělá řemeslo a obživa.
Temná noc jak naše svatá církev.
Nevíra, kat můj a ukrutník, zvítězila. Voltaire zvítězil nad teologií.
Smýšlení je nejsvobodnější a nejsvětější dědictví každého člověka, které se mu žádnou mocí odejmout nemůže.
Poezie musí být vždy pravdivá.