Kauza Putna ukazuje, že prezident považuje svůj mandát, získaný v přímých volbách, za tak silný, že po médiích neváhá si znepřátelit ani akademickou obec, tedy hlavně studenty. Celá věc ale ukazuje k plíživému přechodu k prezidentskému systému vládnutí.

Článek 15 Listiny Základních práv a svobod zaručuje svobodu myšlení a vědeckého bádání a garantuje i samosprávnost univerzit. Akademickou půdu jednoznačně chrání před jakýmkoli politickým vlivem. Prezident má na základě vysokoškolského zákona právo formálně a slavnostně potvrdit, že předchozí proces jmenování profesorem proběhl řádně. Jen formální chyby ve jmenovacím řízení, které by snad unikly orgánům fakulty, univerzity i ministerstva školství, by snad mohly být důvodem pro odmítnutí jmenovat navrženého kandidáta profesorem. Prezident by mohl tak jmenování zpochybnit snad pouze v případě, že by bylo protiprávní, nikoli však v případě, že má výhrady odborné, natož výhrady politické. Prezident negarantuje úroveň vysokého školství – to není jeho úloha. Ostatně ve valné části světa své profesory si jmenuje každá univerzita sama pro sebe. Pokud v našem zákoně tento formální anachronismus zatím zůstává, měl by být i prezidentem jako anachronismus respektován, ne překrucován.

Situace, kdy je profesorům in spe odepírána profesura kvůli názorovým nebo dokonce světonázorovým neshodám, jsou běžné na velkých univerzitách. Sice to akademiky nijak nešlechtí, ale děje se to. Situace, kdy profesuru zablokuje vrcholný politik pomocí sporné formulace v zákoně, je však ojedinělá a nesvědčí příliš o vyspělosti českého právního a politického prostředí.

Kauzu Putna je ovšem třeba číst v širším kontextu plíživého zavádění prezidentského systému, systému po vzoru Francie či USA, kde prezident (a ne premiér) je skutečnou a plnohodnotnou hlavou výkonné moci. Problémy s výkladem ústavy kolem jmenování velvyslanců, (ne)ratifikace mezinárodních smluv již toto ukázaly dříve. Prezidentský systém je jistě legitimní alternativou k současné formě vlády i v ČR, při existenci přímé volby hlavy státu možná i alternativou logickou. Taková změna by ale měla být případně realizována až po řádné demokratické diskusi a po novelizaci ústavy, ne překrucováním ústavy stávající. Změně formy vlády bez demokratického souhlasu totiž říkáme puč. V tomto kontextu je třeba číst i prezidentovu preferenci menšinové vlády po příštích volbách: mít za protihráče vládu se slabou pozicí v parlamentu je pro skrytý prezidentský systém ideální prostředí.