Fake News Deníku N v článku o rychlotestech na COVID

15. 10. 2020 | 12:20
Přečteno 3002 krát
Je mi vlastně líto, že to musím napsat, ale tenhle článek Petra Koubského je jedním z dokladů, že součástí dnešního problémů je i selhání elit.

Rychlostesty jsou přístup, který je zejména ve východní Asii prakticky od začátku epidemie, zhruba od března. Nezabere moc času si o tom neco zjistit, studií a zahraničních článků je o tom dostupných dost, místo toho i Petr Koubek zaujal oblíbenou pozici "žijeme v uzavřené jeskyni, okolní svět neexistuje, rozhodně si o tom nebudu nic zjišťovat, ale mám silný názor a nebojím se ho říct."

Jen tak je možné, že v Deníku N byl otištěn článek, který obsahuje následující tvrzení:

"(Antigenové analyzátory) dovedou vyhodnotit vždy jen jeden test a jeho zpracování trvá zpravidla 15 minut. Kdyby měl takový přístroj praktik v ordinaci, výše uvedený časový výpočet se zhroutí – nikoli pět, ale nejméně dvacet minut na pacienta, nikoli sto, ale spíše 25 otestovaných za den."

Pravda je taková, že dnes u nás užívané přístroje mají od výrobce uvedenou kapacitu 40 testů za hodinu, jestli se to povede naplnit, je otázka rychlosti náběru z nosu. Zatímco do ordinace chodí v párminutových intervalech jeden člověk za druhým, do mašiny se zasouvá jeden vzorek za druhým, poté, co chvíli "odleží", aby šel zasunout, a 12 minut po odběru víte výsledek.

Jestli je Prymulou navržený systém testování přes praktiky ten jediný možný a správný, to je jistě na debatu, která musí být, vstupovat ale do diskuze těmito uměle vytvořenými dezinformacemi je ale dost chucpe.

Ještě větších failů se ale Koubský dopouští, když napadá celý smysl testování:

"Z dvou set tisíc nakažených test správně rozpozná 180 000 (senzitivita 90 %, 200 000 × 0,9 = 180 000). Dvacet tisíc nakažených tedy přehlédne, neuloží jim karanténu, budou nepoznáni šířit nákazu dál. To je první problém.

Druhý problém spočívá v tom, že kromě 180 000 skutečně nakažených test označí jako pozitivní také tři procenta (specificita 97 %) z 9,8 milionu nenakažených, tedy 294 000 osob. Mezi domněle pozitivními tak bude výrazně víc nenakažených než nakažených!
"

Tvrzení opírá o obrázek pana Strojila, který dělá v olomouckém špitál farmakologa. Což je obor hodně jiný než epidemilogie. Z CV pana Strojila nevyplývá, že by měl zkušenosti s antigenním testováním a pravděpodobně se těžko kdy mohl setkat s testováním léků na milionech lidí. To se provádí nejprve na desítkách či stovkách, následně, pokud se nevyskytnou hrozné vedlejšími účinky, na tisících. Ne na řádově úplně jiných množstvích.

Vývody pana Strojila, který Koubský bez jakékoliv oponentury považuje za relevantní, plynou z naprostého nepochopení masivního testování, na které teď minojiné přechází půlka Evropy. Itálie, Německo a další, kteří se chystají testovat v případě Itálie třeba 2 miliony týdně, což je v řádech, které chce i Prymula. Kupodivu k tomu nepotřebují moudré rady Čechů, že to "nejde".

Princip masivního testování, jak se dá dočíst v několika podrobných článcích, spočívá v tom, že se získanými daty pracuje a že se prostřednictvím nich odhalí zejména klastry/ohniska. Pokud v jednom domě/rodině atd. je 95 % lidí pozitivních a někdo ne, tak jdou beztak do karantény všichni, případně se v takových situací může přistoupit k ověření prostřednictvím PCR testů. Za pomocí vyhodnocování dat a trasování se tato ohniska odhalí, takže falešně negativních případů, které by inteligentní testování neodhalilo, bude v reálu minimum.

Odkazované stanovisko Společnosti pro lékařskou mikrobiologii je v článku zcela dezinterpretováno.

Stanovisko naopak doporučuje realizaci antigenního testování a znamenalo průlom pro přístup k testování, pouze definuje jeho rizika.

Nikde neříká, že v praxi bude senzitivita "jen" 90 %, jak zmiňuje Koubský:

"Výše citované stanovisko odborníků ze Společnosti pro lékařskou mikrobiologii a dalších institucí odhaduje senzitivitu antigenních testů v reálném nasazení na 90 %, specificitu pak na 97 % (stejně jako v našem příkladu).",

ale že se nemají používat testy s menší než 90% citlivostí:

"Soupravy pro detekci antigenu SARS-CoV-2 musí mít CE IVD certifikaci a současně deklarovanou
citlivost nejméně 90 % a specificitu nejméně 97 %.
"

Umělým snižováním citlivostí oproti uváděným hodnotám si Koubský pomáhá, aby došel k zastrašujícím číslům.

Hausnumera u falešně pozitivních opět vycházejí z toho, že se s výsledky testování bude zacházet tupě, nikdo je nebude vyhodnocovat a interpretovat. Začněme od toho, že by se testování ve velkých objemech nedělalo. Jak by to vypadalo? Že se prostřednictvím drahých PCR testů, kam chodí jen ten, kdo chce, zachytávalo těch několik tisíc lidí denně a naprostá většina bude neodhalených. To asi není řešení.

Oproti tomu, když screeningovým testováním zachytíme pozitivní, tak následuje vyhodnocení. Je to jediný pozitivní v domácnosti/komunitě? Automaticky na PCR pro konfirmaci, což se ostatně všude u antigenového testování doporučuje. A za chvíli je jasno.

Žádná apokalypsa, jako je naznačeno v článku, se tedy nekoná, pokud by se konala, už bychom tu měsíce měly katastrofické zprávy z kolabující Korei, která na těchto testech funguje od začátku, a v Německu by proti plánu taky to masivně nasadit protestovaly zástupy vědců.

Musíme si taky uvědomit, v jaké se nacházíme situaci. Vinou vlády jsme se dostali na hranu zdravotnické apokalypsy a musíme se z toho dostat co nejrychleji, s co nejkratším lockdownem. Za plošným testování není ráj na zemi a konec epidemie, ale naopak musí následovat důsledné testování ve specifických skupinách, testování tam, kde se potkává hodně lidí, prostě skutečné požívání jihokorejského přístupu. Teď je ale třeba řešit plošnou katastrofu, na což je potřeba nasadit plošnou aplikaci a navržený postup proto uvažuje s ještě vyššími objemy testování než třeba v té Itálii.

Ne všechno, co vyjde z vlády, je automaticky bullshit, rozmetat výše uvedeným způsobem formu testování, na kterou se na základě odborných důvodu a přenosu dobré praxe přechází, bez uvedení těchto příkladů a s naklapáním náhodných čísel a jejich násobením do kalkulačky, je velký odborný i novinářský fail a pokud se chceme z této krize dostat, je potřeba na to upozorňovat, protože po antirouškyádě, která nás dostala tam, kde jsme, nás může definitivně dorazit antitestiáda.

Literatura:

Odborná studie dokládající úspěšnost jihokorejského postupu: https://bmcmedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12916-020-01791-8

Podrobný článek z Wall Street Journal, jak postupovala Jižní Korea: https://www.wsj.com/articles/lessons-from-south-korea-on-how-to-manage-covid-11601044329

Důkladně o principu šíření viru superpřenašeči a důležitosti antigenních testů: https://www.theatlantic.com/health/archive/2020/09/k-overlooked-variable-driving-pandemic/616548/


Informace o evropských zemích, které aktuálně přecházejí na antigennové testy: https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-rapid-tests/countries-turn-to-rapid-antigen-tests-to-contain-second-wave-of-covid-19-idUSKBN26Y2PX

Srovnání PCR a antigenů z Nature: https://www.nature.com/articles/d41586-020-02661-2



Blogeři abecedně

A Atapana Mnislav Zelený B Babka Michael · Balabán Miloš · Bartošová Ela · Bavlšíková Adéla · Bečková Kateřina · Bělobrádek Pavel · Beránek Jan · Berwid-Buquoy Jan · Bielinová Petra · Bína Jiří · Bízková Rut · Blaha Stanislav · Blažek Kamil · Bobek Miroslav · Boehmová Tereza · Brenna Yngvar · Bureš Radim · Bůžek Lukáš · Byčkov Semjon C Cerman Ivo Č Černoušek Štěpán · Česko Chytré · Čipera Erik · Čtenářův blog D David Jiří · Davis Magdalena · Dienstbier Jiří · Dlabajová Martina · Dolejš Jiří · Dostál Ondřej · Dudák Vladislav · Duka Dominik · Duong Nguyen Thi Thuy · Dvořáková Vladimíra F Fafejtová Klára · Fajt Jiří · Fendrych Martin · Fiala Petr · Fischer Pavel G Gálik Stanislav · Gargulák Karel · Geislerová Ester · Girsa Václav · Glanc Tomáš · Gregorová Markéta · Groman Martin H Halík Tomáš · Hamáček Jan · Hampl Václav · Hamplová Jana · Hapala Jiří · Hasenkopf Pavel · Hastík František · Havel Petr · Heller Šimon · Herman Daniel · Hilšer Marek · Hlaváček Petr · Hlubučková Andrea · Hnízdil Jan · Hokovský Radko · Honzák Radkin · Horký Petr · Hořejš Nikola · Hořejší Václav · Hradilková Jana · Hrstka Filip · Hřib Zdeněk · Hubinger Václav · Hülle Tomáš · Hušek Radek · Hvížďala Karel CH Charanzová Dita · Chlup Radek · Chromý Heřman · Chýla Jiří · Chytil Ondřej J Janda Jakub · Janeček Karel · Janeček Vít · Janečková Tereza · Janyška Petr · Jelínková Michaela Mlíčková · Jourová Věra · Just Jiří · Just Vladimír K Kania Ondřej · Klan Petr · Klepárník  Vít · Klíma Vít · Klimeš David · Kňapová Kateřina · Kohoutová Růžena · Kolaja Marcel · Kolínská Petra · Kolovratník Martin · Kopeček Lubomír · Kostlán František · Kotišová Miluš · Koudelka Zdeněk · Koutská Petra Schwarz · Kozák Kryštof · Krafl Martin · Krása Václav · Kraus Ivan · Kroupová Johana · Křeček Stanislav · Kubr Milan · Kučera Josef · Kučera Vladimír · Kučerová Karolína · Kuchař Jakub · Kuchař Jaroslav · Kukal Petr · Kupka Martin · Kuras Benjamin · Kutílek Petr · Kužílek Oldřich · Kyselý Ondřej L Laně Tomáš · Linhart Zbyněk · Lipavský Jan · Lipold Jan · Lomová Olga M Máca Roman · Mahdalová Eva · Maláčová Jana · Málková Ivana · Marvanová Hana · Mašát Martin · Metelka Ladislav · Michálek Libor · Miller Robert · Minařík Petr · Mrkvička Jan · Müller Zdeněk · Münich Daniel N Nacher Patrik · Nachtigallová Mariana Novotná · Návrat Petr · Navrátil Marek · Němec Václav · Niedermayer Luděk · Nouzová Pavlína · Nováčková Jana · Novotný Martin · Novotný Vít O Obluk Karel · Oláh Michal · Ouhel Tomáš · Outlý Jan P Pačes Václav · Palik Michal · Paroubek Jiří · Pavel Petr · Pavelka Zdenko · Payne Jan · Payne Petr Pazdera · Pehe Jiří · Peksa Mikuláš · Pelda Zdeněk · Petrák Milán · Petříček Tomáš · Pfeiler Tomáš · Pilip Ivan · Pitek Daniel · Pixová Michaela · Plaček Jan · Podzimek Jan · Pohled zblízka · Potměšilová Hana · Pražskej blog · Prouza Tomáš R Rabas Přemysl · Rajmon David · Rakušan Vít · Ráž Roman · Redakce Aktuálně.cz  · Reiner Martin · Richterová Olga · Robejšek Petr · Rychlík Jan Ř Řebíková Barbora · Říha Miloš · Řízek Tomáš S Sedlák Martin · Seitlová Jitka · Schneider Ondřej · Schwarzenberg Karel · Skořepa Michal · Skuhrovec Jiří · Sládek Jan · Sláma Bohumil · Slavíček Jan · Slimáková Margit · Sobíšek Pavel · Sokačová Linda · Soukal Josef · Soukup Ondřej · Sportbar · Staněk Antonín · Stanoev Martin · Stehlík Michal · Stehlíková Džamila · Stránský Martin Jan · Strmiska Jan · Stulík David · Svárovský Martin · Svoboda Cyril · Svoboda Jiří · Svoboda Pavel · Sýkora Filip · Syrovátka Jonáš Š Šebek Tomáš · Šefrnová Tereza · Šimáček Martin · Šimková Karolína · Šlechtová Karla · Šmíd Milan · Šoltés Michal · Špinka Filip · Špok Dalibor · Šteffl Ondřej · Štern Ivan · Štern Jan · Štrobl Daniel T Telička Pavel · Titěrová Kristýna · Tolasz Radim · Tománek Jan · Tomčiak Boris · Tomek Prokop · Tomský Alexander · Trantina Pavel · Turek Jan U Uhl Petr · Urban Jan V Václav Petr · Vaculík Jan · Vácha Marek · Valdrová Jana · Vavruška Dalibor · Věchet Martin Geronimo · Vendlová Veronika · Vhrsti · Vích Tomáš · Vlach Robert · Vodrážka Mirek · Vojtěch Adam · Vojtková Michaela Trtíková · Výborný Marek · Vyskočil František W Walek Czeslaw · Wichterle Kamil · Witassek Libor Z Zádrapa Lukáš · Zaorálek Lubomír · Závodský Ondřej · Zelený Milan · Zeman Václav · Zima Tomáš · Zlatuška Jiří Ž Žák Miroslav · Žák Václav · Žantovský Michael Ostatní Dlouhodobě neaktivní blogy