Jedním z klíčových prvků navrhované reformy systému výzkumu, vývoje a inovací je myšlenka stanovení způsobu hodnocení výsledků výzkumu a vývoje čistě mechanické přidělení prostředků státního rozpočtu na výzkum a vývoj podle tohoto hodnocení. Myšlenka je to zdánlivě velmi dobrá, bližší pohled však ukáže značnou naivitu tohoto postupu i diletantismu na straně Rady pro výzkum a vývoj, která se za tento návrh staví. Hodnocení výzkumu lze považovat za jednu z Achillových pat návrhu reformy (který v této metafoře bohužel není dvojnožcem).
Reforma systému výzkumu, vývoje a inovací v ČR, jak ji navrhuje Rada pro výzkum a vývoj (RVV), obsahuje několik navýsost problematických prvků, které si její předkladatelé nejsou ochotni připustit. Proklamace směrem na veřejnost hovoří o zlepšení prostředí pro výzkum, vývoj a inovace, z doposud používaného receptu je však cítit značný sentiment po návratu do předlistopadové struktury institucí výzkumu a vývoje. Z mezinárodních srovnání je totiž zřejmé, že vzorem pro nás má být uspořádání výzkumu a vývoje v zemích jako Rusko, Bulharsko, Kypr, Litva, Maďarsko, Polsko, Rumunsko, Slovinsko nebo Chorvatsko, nikoli země, které jsou z Evropy v celosvětovém výzkumu výrazně vidět, jako je Velká Británie nebo Francie.
Zlaté pero za milion, kterým prezident Klaus podepisoval ústavní slib, vzbudilo po zásluze polemiky. Rozmařilost takového pozlátka úřadu by například ve Spojených státech nikdy nemohla být přijatelným „osobním darem“ pro prezidenta. Konec konců zbývajících devět per prezidentské série končí v hradním sejfu a těžko budou Klausovi následníci vysvětlovat, že je to osobní dar jejich úřadu pro ně samé. Za povšimnutí však stojí i nesoulad mezi nákladností psacího nástroje a ledabylostí ve vyvedení dokumentu, na jehož podepsání toto pero bylo použito.
Odpor vysokých škol proti věcnému záměru ministerstva zdravotnictví převést fakultní nemocnice na univerzitní nemocnice jako akciové společnosti s majoritním zastoupením státu je pochopitelný a oprávněný. Věcný záměr zákona je nepřímou novelou zákona o vysokých školách, jejíž příprava obchází ministerstvo školství. Jen potenciální ekononomické důsledky připravované změny na veřejné vysoké školy mohou být velmi výrazné, zasažena bude i autonomie univerzit.