Politici již řadu let zdůrazňují, že je třeba položit důraz na aplikovaný výzkum, který přináší rychle konkrétní ekonomické efekty. Je opravdu smutnou skutečností, že aplikovaný výzkum je u nás v dosti špatném stavu a jeho efektivnost je mírně řečeno neuspokojivá.

Bylo by však velmi krátkozraké přehlížet problémy (a snad i samotnou oprávněnost existence) druhého základního pilíře - základního výzkumu, který na tom také není moc dobře. Základní i aplikovaný výzkum ve vyspělých zemích státem a soukromou sférou podporovány v osvědčených vzájemných proporcích a pomocí odlišných nástrojů. A co je zásadně důležité – k hodnocení jejich efektivnosti se používají zcela odlišná kritéria. U aplikovaného výzkumu, a ještě mnohem spíše u průmyslového vývoje, je zcela jasným kritériem jeho ekonomický dopad vyjádřitelný finančně – za kolik korun se prodalo vyvinutého nového produktu, jaké přínosy měla nově vyvinutá technologie, atd.
K čemu tedy vlastně naše společnost potřebuje základní výzkum (t.j. vědu)? Jakým způsobem se vrací investice do ní vložené? Jak se pozná, že je tento druh výzkumu opravdu kvalitní? Lidé si většinou myslí (a mnozí vědci tento názor ještě populisticky podporují), že věda je zde hlavně od toho, aby produkovala objevy, které okamžitě přebírá aplikovaný výzkum a průmyslový vývoj a přeměňuje je v komerčně zužitkovatelné výrobky. To je iluze, a to zvláště v malých zemích, jako je naše. Drtivá většina objevů s výrazným technologickým využitím bude vždy učiněna jinde než u nás – vždyť naše věda tvoří jen méně než 1% dnes již zcela globalizované vědy světové! Velká většina našeho základního výzkumu je skutečně na první (ale i na druhý) pohled „neužitečná“: týká se nejčastěji nějakých nových, pokud možno co nejzáhadnějších jevů bez přímé souvislosti s nějakým praktickým problémem. Hlavním produktem takového teoretického bádání je „pouze“ publikace v odborném časopise a kritériem kvality je to, jak prestižní mezinárodní časopis takovou studii přijme k otištění a jaký pak bude mít ohlas u kolegů v oboru po celém světě. Laikovi se to může zdát marnotratné a může volat po něčem cílenějším a praktičtějším. Je tedy snad základní výzkum jakýmsi luxusem, který slouží jen k tomu, aby se uspokojily záliby podivínů sbírajících vzácné brouky, hledajících bizarní elementární částice nebo objevujících zvláštnosti genů pavouků? Nikoli! Vypadá to sice paradoxně, ale právě tento zdánlivě odtažitý základní výzkum poháněný zvídavostí a ctižádostí vědce se osvědčil jako nejplodnější přístup k odhalování fundamentálních zákonitostí v přírodě, jejichž znalost se pak zprostředkovaně bohatě vyplatí i prakticky. Mnohým ekonomům jistě kdysi připadal jako samoúčelné hraní výzkum genetiky mušek octomilek, bizarních faktorů ovládajících dělení kvasinek či paprsků ze smolince. A přece z toho nakonec vzešly věci, které naprosto změnily náš svět. Určitě tedy platí, že „nejlepší praxí je dobrá teorie“.
Hlavní význam kvalitního (a toto slovo je opravdu zásadně důležité) základního výzkumu ale spočívá zvláště v malých zemích v tom, že je klíčovou a zcela nepostradatelnou součástí vysokoškolského a postgraduálního studia a tedy zásadním způsobem přispívá k výchově nejkvalifikovanějších odborníků. Ve zdravě fungujícím systému někteří z nich sice zůstanou zase badateli, ale většina odejde do aplikovaného výzkumu, nebo se z nich stanou manažeři a řídící pracovníci, kterým už zůstanou vlastní principy tvůrčího řešení problémů a kritického prověřování skutečností, které tvoří podstatu vědy. Nedostane-li se vysokoškolským a postgraduálním studentům důkladného kontaktu s kvalitní vědou, nebudou později schopni přejímat a tvořivě aplikovat výsledky rychlého světového technologického pokroku a naši odborníci ani nebudou schopni posoudit kvalitu nakupovaných licencí. Hlavní význam základního výzkumu je prostě dlouhodobý a dá se jen obtížně zhodnotit nějakými jednoduchými účetními metodami. S ekonomickým přínosem investic do základního výzkumu to je tedy velmi podobné (jen na vyšší úrovni) jako s investicemi do všeobecné vzdělanosti: vláda nějakého zaostalého tropického státu si také může říci, že se nevyplatí investovat do odstranění analfabetismu – vždyť sbírat kokosové ořechy a lovit ryby lze dobře i bez znalosti čtení a psaní a jako ekonomicky zdůvodnitelné inovace postačí lepší sítě….
Aby bylo jasno – naprosto nepopírám nutnost účinně podporovat aplikovaný výzkum. Ale nesmí se stát, aby stát krátkozrace zanevřel na výzkum základní a po deseti letech toho trpce litoval. Je nejvyšší čas, abychom jasně řekli, kolik budeme v dlouhodobé perspektivě investovat do opravdu kvalitního základního výzkumu a kolik (a jak) do opravdu efektivního aplikovaného výzkumu a vývoje.
Financování našeho výzkumu se v posledních 8 letech skutečně výrazně zlepšilo – proto by všem zodpovědným činitelům mělo být jasné, že peníze se dají dobře využít nebo naopak promarnit jak v základním tak v aplikovaném výzkumu.